哺乳动物的大脑皮层是一次进化上的创新,但是其进化机制还并不清楚。越来越多的基因组序列为我们从比较基因组的角度来解决这个问题提供了一个机会。这里我们对哺乳动物和非哺乳动物的皮层((Pax6,Tbr-1,Emx1/2))和亚皮层(Dlx2,Nkx1/2)发育相关基因进行了比较分析。我们在大约50个物种间发现这些基因在基因重复、丢失,以及达尔文选择(Ka/Ks<1)上没有明显差别,只有Emx1和Emx2基因序列发生了变化:在27个真兽亚纲中,哺乳动物的Emx1基因比非哺乳动物多编码20个氨基酸,哺乳动物的Emx2基因多了一段编码6-7个多聚丙氨酸的序列。通过实验验证我们进一步的发现,与鸡的Emx1和Emx2基因相比,鼠的Emx2基因在培养的鸡胚端脑神经元细胞中能显著引起Reelin m RNA和蛋白质的增加。我们将鼠Emx2基因和鸡Emx2基因的慢病毒分别注射到E3鸡胚端脑中,待小鸡孵化后,我们发现:注射鼠Emx2慢病毒的新生小鸡端脑内Reelin阳性细胞增多,而且它们的学习记忆能力可能也有所增强。我们发现Emx2基因功能活性的增加至少需要6个多聚丙氨酸,通过蛋白质结构预测,我们发现6个多聚丙氨酸能形成一个螺旋。有研究指出,Reelin与大脑皮层分层有关,而且Emx1/2基因敲除鼠的脑的缺陷与非哺乳动物脑类似。我们的研究暗示了哺乳动物新皮层的创新与Emx1/2基因多了额外的片段有关系。