饮用水水源保护区是城市典型的生态敏感区，是城市水质安全的重要保障。松华坝水源保护区位于昆明市北部，是昆明主城最重要的饮用水水源地。由于历史原因，其保护范围内有大量农村居民点。目前，水源区内水质安全保障与居民生产生活之间的矛盾日益突出，寻找一条有效的村庄治理之路成为当务之急。水源区内居民多属于低收入群体，长期务农，粗放式农耕生产和分散的居住模式带来大量面源污染及点源污染，污染治理难度和成本相当高，且收效甚微。传统水源保护区内村庄治理思路主要是整体搬迁，尽可能使水源保护区成为无人区。然而，实践中大量搬迁不仅不现实，也容易激化社会矛盾。为此，本文在人与自然和谐共处的理念下，试图为生态敏感区内村庄治理研究提供新视角。通过污染源、污染扩散动力、污染扩散介质三大影响因素的叠加分析，划定不同级别的污染风险控制区，并从生态保护与修复、产业发展与合作、居民点建设与引导等方面提出相应治理策略。从污染源出发进行调控和整治，是生态敏感区“治本”的关键。根据污染风险分区，分时序、分强度、分重点的进行村庄治理，区分“轻重缓急”，并对症下药，提高了生态敏感区内村庄治理的效率和可实施性。