秸秆腐解的复杂过程中，必须由多种功能协同的菌群共同作用完成，选育复合菌系成为秸秆腐解研究的热点和重点。采用来自不同生境条件的自然菌群为基础，以秸秆拉力强度或失重率变化、酶活等能直接反应秸秆腐解程度的参数为筛选指标，通过连续限制性培养和降低温度诱导的定向驯化分离得到了小麦秸秆快速腐解复合菌系WSS-1。该方法必将成为细菌群体结构研究的有力工具，并得到广泛应用。目前(截止2013年6月)中国微生物腐熟菌剂生产企业总数有105家，登记的腐熟菌剂产品106个。这些腐熟菌剂生产企业分布24个省(市、区)，以湖北、北京、江苏、山东、河北的企业数量为多。所有腐熟剂生产企业均为中小型企业，一般年产能在2000吨左右，总产能达20万吨以上。目前的腐熟菌剂产品通常由3种以上的细菌、真菌和放线菌组成，登记的腐熟菌剂产品使用菌种达64个。目前秸秆腐熟菌剂的生产多采用液体发酵培养和固体扩大培养，生产流程环节多，尤其是规模化的固体扩大培养自动化程度较低，产品质量的稳定性仍有待提高。自2009年以来，国家颁布了推动包括秸秆腐熟剂在内的微生物肥料产业发展的一系列政策和设立了产业化专项予以资金支持，这为中国微生物肥料发展提供了极其良好的机遇。