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大学治理结构为学术自由的发展提供了权益和机制保障，现代大学的可持续发展始终伴随着学术自由的保障与实现。学术自由背后更深层的内在逻辑在于大学与非大学组织机构之间厘定精神与权利的范围，在于学者的学术权利与行政权力、学术资本、大众责任之间形成的协调关系。这与大学治理结构的平等协商、共同管理具有内涵上的一致性。学术自由的维护与实现要求大学治理结构做出相应的转变，它促进了大学外部治理结构由政府、社会、大学的三元主体向政府、社会、市场、大学的四元主体转变，也推动了大学治理权益冲突焦点的渐进转移，诱致了大学治理权力向治理结构顶层和底层双向延展。学术自由与大学治理结构只有相互调适、相互适应、协同发展，方能维护、巩固大学的学术性、公益性、独立性特质。