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粘细菌纤维堆囊菌ATCC15384在发酵培养中使用P450埃博霉素环氧酶的一种抑制剂，该抑制剂特异性抑制epoK基因产物的生成。重组纤维堆囊菌的epoK基因因随机诱变而失活，由于埃博霉素聚酮合酶(PKS)基因编码的改变，生产菌株只产生埃博霉素D和C，而不产生埃博霉素A和B。快速色谱纯化得到埃博霉素D，以其为起始材料采用区域性-立体选择性钯催化大环内酯氮化反应半合成埃博霉素D内酰胺衍生物。