目的：通过对投入产出比的统计分析反映我校科技效益的情况，希望为相关的决策提供参考。方法：以科技统计数据为依据，比较分析了2000-2009年上海中医药大学科技工作的投入产出比。结果：十年间我校科技投入、科技产出及其投入产出比整体呈快速增长趋势；人员投入效益增长趋势整体优于经费投入效益的增长趋势；不同年度、不同产出类型之间的科技效益差距明显；在高级别奖励产出、科技成果转化方面还存在不足。结论：应积极把握中医药事业的重要战略机遇期，坚持传承和创新并举，坚持中医药科研可持续发展的设计，综合考虑学科布局与可持续发展。同时，加强内部建设，营造聚精会神、紧张高效的科研环境，进行科研管理体制改革的深化，建立精神激励与物质激励相结合的多重驱动机制，全面推进我校的中医药科技创新发展工作。