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目前混凝土防渗墙是深厚覆盖层上修建高土石坝控制坝基渗流的首选工程措施，但是在其施工和运行期容易因为多种原因形成裂缝，可能影响覆盖层地基的渗透稳定性，对工程安全造成难以估量的影响。为有效地求解深厚覆盖层上高土石坝防渗墙裂缝渗流问题，本文在改进节点虚流量法的基础上引入无厚度的缝单元来模拟防渗墙裂缝渗流行为。以瀑布沟深厚覆盖层工程渗控为例，计算了混凝土防渗墙裂缝未充填和充填下的三维渗流场，得到不同裂缝条件下渗流场的水头分布、浸润线以及渗漏量，系统分析了深厚覆盖层地基中混凝土防渗墙垂直裂缝条件下的稳定渗流场规律和特点。结果表明，该方法能对渗流逸出点和浸润线进行准确定位，还能很好地模拟混凝土防渗墙裂缝对坝区渗流场的影响，可以为该类问题的分析提供参考。