【摘 要】
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目的:应用分子遗传学方法探讨北京谱系结核分枝杆菌的起源进化及群体间基因流动特征.
方法:对212株北京谱系结核分枝杆菌(来源于中国北方五省、自治区:黑龙江、吉林、辽
【机 构】
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450001郑州,河南工业大学生物工程学院首都医科大学附属北京胸科医院北京市结核病胸部肿瘤研究所国家结核病临床实验室中国科学院遗传与发育生物学研究所
【出 处】
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中国防痨协会2016年全国学术大会
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目的:应用分子遗传学方法探讨北京谱系结核分枝杆菌的起源进化及群体间基因流动特征.
方法:对212株北京谱系结核分枝杆菌(来源于中国北方五省、自治区:黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古和宁夏)进行24位点可变数目串联重复序列(VNTR)基因分型,计算各VNTR位点的等位基因多态性(h);从个体水平分析其系统发育,即构建N-J树和最小生成树;构建群体水平系统发育树,并在此基础上通过贝叶斯模型计算最近共祖年代;通过分子方差分析了解五省菌株间的基因流动情况.
结果:24个VNTR位点的等位基因多态性较低(h值范围:0.000～0.805).212株北京谱系结核分枝杆菌分散存在于N-J(Neighbor-Joining)树的各个进化分枝,最小生成树中约60.8％(129/212)的菌株被划分到同一"克隆复合群".群体水平系统发育树显示,212株菌与MIRU-VNTRplus数据库(http://www.miru-vntrplus.org)中的北京谱系结核分枝杆菌的遗传关系最近(Bootstrap值为100);最近共祖年代为5052年(95％CI:4000～6200年).通过分子方差分析发现吉林与黑龙江、辽宁两省菌株之间,内蒙古与宁夏菌株之间遗传分化系数差异无统计学意义(P＞0.05).
结论:北方五省北京谱系结核分枝杆菌的遗传相似性较高.各省菌株间种系发生关系不明显.推测这些菌株由近期(约5000年前)结核分枝杆菌北京谱系的某一"克隆"进化而来.地理位置接近的省份,菌株间存在基因流动现象.
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