计算机辅助抗体设计研究进展

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目的:抗体有着广泛的应用,创造了巨大的经济效益和社会效益,抗体在研发过程中往往要根据其用途进行进一步的优化和改造。但传统的改造方法盲目性较大,时间成本耗费较高,成功率也较低。人们需要一种新的理性改造方法。方法:随着近年来生物信息学的发展,计算机辅助抗体设计成为了一种新的改良抗体方法。这种方法更有针对性,有助于节约时间、降低成本,提高成功率。本文首先对计算机辅助抗体设计进行了概述,并介绍了同源建模和分子对接等模拟技术,然后重点归纳了近年来计算辅助进行的抗体人源化、抗体体外亲和力成熟等方面的研究进展,并对未来的发展进行了展望。结果:抗体的数据集包括序列和结构,序列的获得相对容易,相对于昂贵耗时的蛋白晶体结构解析,同源建模随着准确率的进一步提高,已经成为了一种获得结构数据的替代方法,初始建立的模型一般要进行后续的分子动力学优化。蛋白-蛋白分子对接技术可以对抗原-抗体结合位点进行预测,但是这种方法其综合准确率仍较低,考虑蛋白的柔性可能是提高准确率的关键。抗原的理性设计可以使机体分泌针对特定表位的抗体。计算辅助人源化对晶体结构的依赖相对较小,文献已经报道了很多基于同源建模计算人源化的成功案例。抗体的体外亲和力成熟对晶体结构的依赖较大,目前绝大多数的计算抗体体外亲和力成熟都基于抗原抗体复合物。结论:计算机辅助抗体设计可以作为一种新的抗体改造辅助方法,尤其是治疗性抗体,随着生物信息的进一步发展,计算机辅助抗体设计将会在将来发挥更加重要的作用。
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