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本文从应用角度研究了化合物参考数据库和化合物结构登录系统的有关问题,包括结构未确定化合物、数据质量控制、数据错误恢复、化合物和结构片段唯一表示等,给出了具体设计方案.并对借助化合物参考数据库进行化学数据集成的方法作了初步介绍.文章所述的化合物参考数据库，包括化合物登录系统和化合物结构库，已经建成并投入使用，目前数据量超过300万个化合物。化合物参考数据库的核心功能研发已经完成，开始为协作单位提供化合物结构登录服务，但是作为化合物参考数据库特有服务的网上化合物结构登录服务和化合物结构与标识转换服务仍在完善中。