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植物基因学的长期目标是鉴定、分离和确定植物生长与发育有关的基因及其功能。大多数基因型的表现要求一系列基因在时间与空间上的合作与调控。直到最近，确定一种更为详尽的分离、特性描述复杂基因型的所有基因的方法还是相当困难的。然而，在基因学、信息科学、系统发育学方面的进步，使这一领域已显示出了易于操作的光明前景。拟南芥(Arabidopsis)和水稻基因组序列图谱已经完成，并且人们也正在获得大量的其它植物的表达序列标记(EST)信息。利用这些丰富的信息，可以加速对控制植物生长、发育、代谢、生物的或非生物压力的反应和其它多个方面的基因学原理的理解。