利用小分子研究和调控生命过程是化学生物学核心内容之一。在复杂的生命体系中，要使小分子的调节与干扰达到预期效果，除与相应生物大分子的亲和力外，其对一组具有类似结构和作用模式的靶标组的选择性是至关重要的。在理论上预测小分子对生物大分子靶标组的选择性，对于设计理想的小分子探针和药物，以及理解生命现象的本质，有着重要价值。蛋白激酶家族具有为数众多的成员。在人体中发现的蛋白激酶种类超过500种，其在生命体中发挥重要作用，与许多重大疾病的发生发展有直接联系。目前全球三分之一的药物研发项目与蛋白激酶有关。但由于几乎所有蛋白激酶催化核心区域的结构非常类似，靶向催化核心区域的小分子的选择性成为了目前数百种在研小分子成功上市的最大障碍。为此，我们通过MB-QSAR方法，预测了多个激酶抑制剂分子的作用选择性，阐述蛋白激酶与小分子作用选择性的三维构效关系，为具有选择性的小分子设计提供了信息。