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基于线粒体部分序列对来自于7个水系的大眼华鳊和2个水系的海南华鳊的遗传结构和亲缘关系进行了研究。结果显示：大眼华鳊珠江、长江、闽浙以及海南华鳊九龙江和珠江的线粒体控制区序列歧异度在3％-8％之间，接近或达到了亚种水平的分化，五个地理区域的华鳊分化明显。系统发生分析显示长江位于各群体的进化关系的中心，指示长江可能是大眼华鳊和海南华鳊的起源中心。对闽浙各群体的遗传结构和种群历史分析显示闽江、钱塘江曾先后经历明显的扩张，而其他群体未发生明显的扩张，提示可能是水系规模影响了遗传结构的形成。