“生物群落”是生态系统中一个重要的组成单元,传统意义的生物群落是指处于同一个环境中相互作用的一个生物群体或者被定义为一个特定区域内相互作用物种的联合体。一般来讲,群落是由许多通过各种方式互作的物种组成的,这些互作方式包括竞争、捕食、寄生、共生、共牺等。但是在有关群落的研究中，人们更加关注群落的结构和功能，通常用多样性指数、物种丰度等来描述群落特征，而忽略了群落中物种间的互作关系。本文集中讨论如下几个方面:1、基于免培的分子生物技术及其在微生物群落研究中的应用；2、微观世界中菌物与其他生物间互作的基本规律、数学模型以及生物学意义；3、群落中菌物与其他生物间互作的机制包括物种间交流的信号途径与物质基础，尤其是次生代谢产物；4、特殊环境的菌物结构与功能。