岩羊(Pseudois nayaur)是分布于中亚青藏高原及其周围山脉地区的野生有蹄类动物,分类学上属于偶蹄目(Cetartiodactyla)、牛科(Bovidae)、岩羊属(Pseudois)。但是由于缺乏在形态学和分子地理学上的研究,一直以来岩羊属的分类系统和亚种分类的问题存在很大争议。首先,矮岩羊在岩羊属中的分类地位一直扑朔迷离,隶属亚种还是独立新种的问题一直是争论的焦点;其次,岩羊的亚种分类系统尚无定论,主要依靠地理分布格局命名了2个亚种:西藏亚种Pseudois nayaur nayaur和四川亚种Pseudois nayaur szechuanensis。针对这些问题,本课题从岩羊栖息地搜集了26个岩羊的样品,其中包括5个矮岩羊样品(Pseudois schaefen),这些样品覆盖了岩羊在中国的大部分分布地区。我们使用了2个线粒体基因(细胞色素b基因、控制区序列),分析了岩羊属物种的系统发育关系以及遗传差异。通过线粒体基因构建的系统发育树可以发现存在3个主要的分枝,并且3个分枝上的岩羊样品采集地与目前岩羊按照地理分布命名亚种的情况相符。有关岩羊的2个亚种的分类系统,即西藏亚种和四川亚种,在系统发育树上分枝情况非常明显。此外,宁夏贺兰山的岩羊种群已经与这2个亚种表现出了明显的遗传分化,从分子水平证实了有关宁夏岩羊种群应该被归为一个新的亚种的假说。同时在系统发育树上,矮岩羊与四川亚种岩羊在进化树上相互交错,有着错综复杂的母系进化关系,因此,矮岩羊不宜被划分为一个单独的种或亚种,而应该作为四川亚种中一个形态变异的特殊种群。最后,结合种群遗传信息和分子钟等分析结果,获得了很多分子地理学的相关信息,特别是岩羊的分子系统地理学的历史。我们获得的信息支持四川西部地区很可能是岩羊在第四纪冰川时期的一个潜在避难所。