波纹龙虾转录组分析与C-型凝集素的初步研究

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本研究利用Illumina Hiseq2000测序平台对波纹龙虾肝胰腺和卵巢组织进行了转录组测序,总计产出8,656,184,400nt数据。组装结果获得Unigene74,124个,总长71,857,359nt,平均长度969nt,N50达到1,952nt。Unigene功能注释,注释到NR,NT,Swiss-Prot,KEGG,COG,GO各数据库的Unigene分别是22,180个,9,938个,19,207个,16,837个,8,886个,10,402个,所有注释上的Unigene是25,014个。预测编码蛋白框(CDS),比对到蛋白库的CDS有22,453个,预测出的CDS有4,461个,共26,914个。SSR共24,594个。免疫系统相关的pathway共15条。在转录组同源序列分析中,筛选了2个C-型凝集素样ESTs片段,采用了RACE技术,克隆了两个基因PhLec1和PhLec2的cDNA全长。利用RT-PCR方法对PhLec1和PhLec2转录水平表达谱进行了分析,结果显示,PhLec1仅在成体龙虾肝胰腺组织中有表达,其他组织及各发育期均未检测到其mRNA;PhLec2 mRNA在被检测的各发育时期及各成体龙虾各组织中均有表达,但各不同发育期的表达量均处于较低水平,在被检测的各组织中,肝胰腺组织的PhLec2 mRNA相对表达量较高,是鳃组织表达量的15倍。为了研究PhLec1和PhLec2的功能,制备了PhLec1、PhLec2重组蛋白,并进行了活体实验,结果表明,PhLec1、PhLec2重组蛋白对白斑综合症病毒(WSSV)均具有一定的抵抗作用。PhLec1、PhLec2与WSSV孵育后注射对虾(用对虾进行PhLec1、PhLec2重组蛋白抗病毒死亡率实验)可以降低降低对虾死亡率。PhLec1、PhLec2与WSSV孵育后注射对虾可推迟对虾发病时间,攻毒后第8天阳性对照组死亡率为66.7%,WSSV+PhLec1组死亡率为43.3%,WSSV+PhLec2组死亡率为33.3%(P<0.05)。通过对波纹龙虾转录组分析,我们共发现了39条可能的C型凝集素Unigene。与其他甲壳动物C型凝集素家族成员同源性及进化关系分析后发现,波纹龙虾C型凝集素家族成员根据同源性及功能可分为12个亚家族。对发现的39条可能的C型凝集素进行RT-PCR筛选,共筛选出15对引物,利用realtime-PCR方法对白斑综合症病毒(WSSV)刺激后波纹龙虾肝胰腺组织进行检测,发现WSSV刺激后Phlec6,Phlec19的表达量均出现明显的上调变化,但PhLec13的表达量出现明显下调变化,其他波纹龙虾C型凝集素家族成员未出现明显的表达变化。实验发现,波纹龙虾中存在大量的C型凝集素,且C型凝集素不仅表现出了结构多样性,还具有一定的功能多样性和病原特异性。这些结果为讨论波纹龙虾C型凝集素大量存在的意义及先天免疫的"特异性"提供了基础。
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