为进行砂藓(Racomitrium canescens)蛋白质组学的研究工作,获得质量较好的砂藓总蛋白质是首要前提,因此,需要建立一套完整高效的适用于砂藓的双向电泳体系。本研究以砂藓为研究对象,对试剂盒(北京索莱宝有限公司,BC3720)法、Tris-酚抽提法和TCA/丙酮法提取的砂藓总蛋白质进行了评估,比较了3种蛋白质提取方法所获得蛋白质的浓度、单向SDS-PAGE电泳结果中蛋白质条带的完整性和分辨率,同时对双向电泳结果进行分析比较,以筛选最优的砂藓总蛋白质提取方法。通过比较不同IPG胶条pH范围与蛋白质上样量对砂藓总蛋白质双向电泳体系进行优化,以得到更好的双向凝胶电泳效果。结果表明:3种方法中Tris-酚抽提法获得的砂藓总蛋白质浓度最高,为8.46493μg/μL,单向SDSPAGE电泳条带清晰且较完整,双向电泳后获得的蛋白点最多,是三种方法中提取砂藓蛋白质浓度最高完整性最好的方法;进一步对基于Tris-酚抽提法提取的砂藓总蛋白质双向电泳体系进行优化,结果显示利用pH范围为4-7的IPG胶条,蛋白上样量为1000μg的条件下,获得的砂藓蛋白质双向电泳图谱蛋白质点最多,图谱中可分辨的蛋白质点共(712±10)个,且低丰度蛋白质点清晰。本研究筛选出的方法获得了蛋白质点分布均匀、背景清晰、分辨率高、质量高的双向电泳图谱,建立了砂藓蛋白质组学研究体系的较好方法。可为砂藓蛋白质组学研究奠定良好基础。