SUMO特异性蛋白酶SENP调节SUMO的成熟并行使对底物的去SUMO化过程.虽然对SENP1的作用研究已比较深入，但对其去SUMO化机理至今仍不清楚.本文采用MD模拟结合QM/MM方法对这一去SUMO化机制进行了详细的研究.研究表明，底物SUMO1-RanGAP1通过破坏内部的疏水相互作用及异肽键从trans到cis的翻转，插入SENP1的催化口袋，之后SENP1的Cys603位的硫负离子进攻SUMO1的Gly97位上的羰基碳原子，激发这一去SUMO化反应的发生.随后，一个四面体中间体与一个酰基酶中间体相继生成，最终释放出SENP1、SUMO1和RanGAP1.在这一反应过程中，亲核进攻为决速步，反应能垒为20.2 kcal/mol.这一结果与突变实验相吻合.该项研究有助于SENP去SUMO化反应机理的解释，此外，文中指出的一些关键残基也为设计新型SENP1相关疾病的抑制剂提供了理论指导.