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线粒体是重要的细胞器，其分离纯化极具挑战性.常用的密度梯度离心技术不能区分与线粒体类似的其它细胞器，因此有必要发展新装置来实现线粒体的富集.在前期自由流电泳工作的基础上，我们构建了循环式自由流等电聚焦(FFIEF)装置，采用两套泵实现电极液的输送和缓冲液的循环.为减少电泳缓冲液和电场对线粒体的损伤，我们发展了样品进样新模式，即在分离腔内形成pH梯度后再进样.我们从兔肝中先通过差速离心得到线粒体粗品，再进行自由流等电聚焦电泳分离制备线粒体组份.扫描电镜结果显示在pH6.24和6.61两个组份中的线粒体形态完整，统计分析显示线粒体纯度显著升高.随着组份pH值的降低，线粒体的结构逐渐残缺.线粒体膜电位的测定显示完整的线粒体和不完整的线粒体有显著差别.蛋白质组学分析结果表明，和残缺的线粒体和线粒体粗品相比，从完整的线粒体中可以多鉴定20％以上的蛋白.实验证明循环式自由流等电聚焦电泳可以用于线粒体的有效分离纯化.