链格孢菌(Alternaria spp.)是一种较为常见的真菌,它不仅是植物病原菌,而且还能危害人和动物。农业生产上,防治由链格孢菌引起的真菌病害主要通过施用化学杀菌剂的方法,但由此引起的的环境污染、病原菌抗药性和农药残留等问题促使人们积极寻找可以替代部分化学杀菌剂的生防资源。随着真菌病毒Cryphonectria parasitica hypovirus 1 (CHV1)在控制欧洲板栗疫病上的成功应用,使得真菌病毒作为一种生防资源引起了广大科技工作者的高度重视。本研究利用高通量测序技术对引起甜瓜叶部病害的链格孢菌中的真菌病毒资源进行挖掘。测序结果在NCBI non-redundant protein数据库中共比对得到29种病毒信息,其中+ssRNA病毒数量最多,所占比例为49%,dsRNA病毒、未分类的病毒及-ssRNA病毒所占比例分别为19%、23%和7%,仅有一条Contig比对结果为逆转录病毒,但并未比对到DNA病毒的序列信息。这29种病毒分别属于9个不同的病毒科、属以及未分类病毒,其中Ourmiavirus、Narnaviridae和Chrysoviridae所占比例较大。通过对链格孢菌中真菌病毒的深入研究可以为真菌病毒的起源和进化以及真菌病毒与寄主之间的相互关系提供理论依据,为利用真菌病毒防治链格孢菌引起的病害提供潜在的生防资源。