随着高等教育改革的深化,单一的国家拨款来源已无法满足高校建设的需要,多元化筹资和投资决策无疑使高校财务管理日趋复杂化。内部会计控制是提高会计信息质量,确保有关法律法规和规章制度及单位管理方针政策的贯彻执行,避免或降低风险,提高管理效率,实现单位管理目标而制定和实施的一系列控制方法、措施和程序。传统的会计信息系统忽视了将这些有效的内部控制方法、思想集成在软件功能中,单纯地依靠组织制定的内部控制制度来加以内部控制,当内部人员协同舞弊时,会导致内部控制制度的失效。将内部控制集成在会计软件中可以确保会计信息安全、正确。研究高校网络会计信息系统的设计思想是以控制与决策为核心的,在软件的功能上建立和强化内部控制。本文研究的会计信息系统全面树立会计内部控制理念,通过不相容职务相互分离控制方法与软件的集成、业务与协同化处理与会计软件的集成、授权批准控制方法与会计软件的集成、预算控制方法与会计软件的集成等将会计内部控制理论应用于整个系统的设计中,体现了内部控制的程序化思想。