广义香菇(Lentinula edodes sensu lato)包括狭义香菇(L. sensu stricto)、砖红香菇(L. lateritia)、新西兰香菇(L.novaezelandiae)和未被描述的形态种四个谱系。中国拥有狭义香菇和未被描述的形态种两个谱系,其中狭义香菇又分成两个分支。我们利用ITS2序列和线粒体基因组重测序技术分别对我国香菇种质资源的细胞核和细胞质进行分型研究。结果表明:狭义香菇两个分支与未被描述的形态种拥有不同的细胞核和细胞质类型,分布在东亚北部的狭义香菇核和质型都标为A1,分布在东亚南部的狭义香菇核和质型都标为A2,未被描述的形态种核和质型都标为B,其中未被描述的形态种细胞核又分成B1和B2两个分支。我国绝大多数栽培种质资源的细胞核和细胞质类型都为A1,说明它们主要来源于东亚北部的狭义香菇。另外,还发现许多野生种质资源为不同细胞核和细胞质类型的组合,表明我国野生种质资源之间正发生着频繁的基因交流,急需加大对我国各类型细胞核和细胞质香菇种质资源的性状挖掘和保护。