不管是否愿意承认，事实上近代以来中医学一直处于两种方法论的犬牙交错之中。一种方法论是构建中医学并赖以持续发展的中国传统文化的认识方法，可称之为中医学自身方法论或传统方法论，支撑着中医的临床思维；一种是西学东渐而来的科学方法论，主导着中医现代的研究方向。由于科学方法论具有日益强势的话语权，对中医学界形成了难以抗拒的压力与诱惑，以至于中医学界倾倒在科学方法论的“石榴裙下”，迷失了自我。因此，带来了中医学百年的徘徊与迷茫。一方面很多古代行之有效的理论经验，没有全面地继承下来；一方面采用现代科技和生物医学方法的研究，没有使中医学得到突破与创新。反思这种状况，我们认为没有明确适合中医研究的方法，是主要症结。由于对中医学自身方法论缺乏准确的揭示，中医研究方法论至今不能确立，导致中医现代研究难以深入，成为制约中医现代发展的瓶颈。本文介绍了中医学方法论的特点以及中医学方法论的优势，探讨了中医学方法论研究的意义。