烟草是国家财税收入的重要来源之一，烟草行业是影响中国经济最广泛的行业。马铃薯Y病毒(Potato virus Y, PVY)是烟草上危害最为严重的病毒之一。根据生物学症状、血清学反应特性和核苷酸序列，可将PVY分为不同的株系:普通型(Commonor Ordinary strain，PVYO)，烟草叶脉坏死型(Tobacco veinal necrosis strain，PVYN)，点条斑型（stipple streak strain，PVYC）以及PVYZ和PVYE。病毒株系和品种的不同，表现出的症状特点也有明显的差异。较为普遍的PVYO侵染烟草，在发病初期，叶片会出现“明脉”，后网脉的脉间则颜色变浅，表现为花叶症状;PVYN侵染烟草，病株叶脉则变成暗褐色至黑色坏死，叶片呈现污黄褐色，有时候坏死部分则延伸至主脉和茎的韧皮部，表现为脉坏死症状。二者在致病症状上有明显差异，目前对马铃薯Y病毒普通株系和致死株系致病差异性的机理尚不明确。　　从山东感病的烟草中分离得到两个PVY分离物，分别命名为PVY-T和PVY-G。5 RACE(Rapid-amplification of cDNA ends,RACE)及RT-PCR(Reverse transcriptionPCR, RT-PCR)克隆两个PVY分离物的基因组全序列。比对PVY-T、PVY-G全基因组序列发现，全基因组序列都为9665个核苷酸，PVY-T的全基因组序列的5-非翻译区由170个核苷酸组成，ORF含有9183个核苷酸，编码3061个氨基酸，3-非翻译区包含312个核苷酸。而PVY-G的全基因组序列的5-非翻译区由164个核苷酸组成，ORF含有9171个核苷酸，编码3057个氨基酸，3-非翻译区包含330个核苷酸。二者的全基因组核苷酸序列一致率为88.96％，氨基酸序列一致率94.35％。一致率差异较大部分为P1、HC-Pro、NIa-VPg、NIa、NIb5个蛋白。氨基酸序列的进化树分析表明，PVY-T分离物属于PVYN株系，PVY-G分离物属于PVYO株系。　　利用Solexa高通量测序技术，对两个马铃薯Y病毒分离物侵染后的烟草叶片和健康的叶片的cDNA文库进行差异基因表达谱分析，结果显示，在三个数据库中分别测出了9，923，807、8，749，219、6，805，228个序列。PVY-T侵染的烟草植株相比对照植株(T-CK)有2221个上调和432个下调的基因;PVY-G侵染的烟草植株相比对照植株(G-CK)有2118个上调和716个下调的基因，进一步比较PVY-T处理组与PVY-G处理组(T-G)的测序结果，发现有241个上调和33个下调的基因，其中未知基因约占14.6％。通过比较T-CK与G-CK，我们发现，有5个基因在高通量测序结果中表现为异向调控:过氧化物酶、新薄荷还原酶、假设蛋白POPTRDRAFT_783792、CP12、LTP1前体。它们的异向调控表明PVY-T、PVY-G侵染植株后导致了寄主部分基因的异向表达，这些基因的异向表达可能是N株系与O株系侵染植株后产生不同症状的原因。　　通过基因功能分析表明，差异表达基因广泛涉及新陈代谢、次生代谢、RNA运输等过程。利用qRT-PCR技术检测了6个差异显著基因的相对表达量，结果显示6个基因表达水平的差异性与高通量测序结果一致。这些基因的表达水平发生明显变化，表明病毒侵染植株后导致了植株基因的表达差异，这些基因的上调或下调影响植株的抗病表现。