改革开放以来,我国经济持续增长,经济体量已居于全球前列。创新作为推动经济发展的重要推动力,在我国经济社会转型升级的进程中占有举足轻重的地位,政府不断出台相关优惠政策支持企业创新活动。与此同时,由于发展初期人为活动对自然资源的过度利用,对我国自然环境造成了不可估量的严重后果,环境问题日益严峻,政府开始出台环境规制政策,以期能够令自然环境有所改善。一方面为解决环境问题而实施环境规制,另一方面为促进科技创新而实施政府研发投入政策,我国企业所处的创新环境愈加复杂。因此,通过分析我国企业创新效率会受到环境规制怎样的影响、政府研发投入在其中又发挥了怎样的作用,对我国调整政府研发投入力度、完善环境保护政策体系、建设良好创新环境具有重要意义。为了对环境规制、政府研发投入以及企业创新效率之间的关系进行研究,本研究首先收集了我国规上工业企业2012-2019年的相关数据,对我国近年来的环境规制以及政府研发投入情况进行简单量化分析;其次,通过构建企业创新效率指标体系,运用DEA模型对我国各省市区研究期内的企业创新效率进行了测算及分析;然后,通过理论分析我国企业的清洁型和非清洁型创新活动在政府研发投入的作用下对环境规制会做出怎样的反应,对企业创新效率随环境规制强度不同而产生的变化做出假设;最后,通过构建门槛效应模型对假设进行实证检验,以政府研发投入为门槛变量,将R&D经费内部支出、R&D人员全时当量等作为控制变量,分别从全国层面以及东、中、西部三个地区分析我国环境规制强度对企业创新效率的影响。研究发现,在全国层面和中部地区样本中,环境规制对企业创新效率的影响不存在政府研发投入门槛,而在东部地区和西部地区均存在单门槛效应,且政府研发投入均加强了环境规制对企业创新效率的正向影响。东部地区经济水平高,政府研发投入较低时,对企业创新研发的推动力较小,环境规制对企业创新效率的促进作用也较小;当政府研发投入跨越门槛值时,企业有了足够的动力进行创新研发,此时环境规制对企业创新效率的促进作用明显增大。东部地区的实证结果验证了本研究的假设。西部地区经济水平低,创新重视程度不够,环境规制对企业创新效率更多表现为抑制作用,政府研发投入跨越门槛值前,抑制作用较强,当政府研发投入跨越门槛值以后,在一定程度上了减轻环境规制对企业创新效率的抑制作用,但不会完全消除。西部地区的实证结果与本研究假设不同,但从侧面验证了政府研发投入在环境规制与企业创新效率之间存在积极影响。为给我国企业提供一个良好的创新环境,在环境规制力度愈加严格的背景下继续开展创新活动,本研究提出以下政策建议:丰富政府研发投入政策内容,加大政府研发投入力度,协调环境规制与企业创新效率;分区域调整环境规制强度,发挥环境规制正向筛选作用;加强企业创新研发能力,提高企业创新意识,促进企业实现绿色转型升级。