本文在分析了传统的Overlap-Layout-Consensus方式和Euler方式对重复序列的处理策略之后,重点研究了基于定长子串和变长子串的两种Repeats预处理方法。并在这两种方法的基础上,提出了构建不同的数据结构,定长子串统计表和变长子串统计表,详细记录两种方法各自扫描shotgun集合所得到的信息。然后,根据各自表中记录的具有相同定长子串或者变长子串的shotgun片段可能来自目标序列同一个位置或者相同repeats的原理,将这些shotgun片段进行预归并操作,并给出了各自具体算法。通过预归并一方面可以还原出DNA目标序列中的重复序列的形状;另一方面还可以大大减少shotgun集合中的片段数目,从而降低将来拼接时的计算复杂度。使之既适用于采用Overlap-Layout-Consensus方式,又适用于采用Euler方式的序列拼接算法的重复序列预处理工作。最后,进行了本文算法的计算机模拟分析。计算机模拟分析结果表明,本文算法不仅识别重复序列率较高,并且由于通过预归并缩减了shotgun集合的规模,有效地降低了拼接时的计算复杂度。