核酸分子的尼龙膜固相滚环扩增近红外荧光检测

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尼龙膜是一种核酸检测的传统固相载体,其本身携带正电荷,可直接通过静电吸附和简单的UV交联固定核酸分子,操作简单快捷。滚环扩增(rolling circle amplification, RCA)是一种等温DNA扩增技术,广泛应用于核酸的检测。近红外荧光(near infrared fluorescence, NIRF)因其背景低而具有高灵敏度的特点。本研究利用尼龙膜、RCA及NIRF的技术优势,建立了一种尼龙膜上近红外荧光固相RCA (M-NIRF-sRCA)检测核酸分子的新方法。M-NIRF-sRCA检测系统仅包含两种寡核苷酸:特异性的探针(3’端为滚环引物)和滚环(rolling circle, RC).检测流程分四个步骤:(1)固定:通过UV交联将待测靶分子固定在尼龙膜上;(2)杂交:将含有特异性滚环引物和RC的杂交体系加至尼龙膜上进行杂交;(3)滚环扩增:将固相RCA体系(包括ψ29 DNA聚合酶、RC、dNTP、biotin-dUTP)加至尼龙膜上进行RCA反应;(4)成像:使用近红外荧光素标记的链霉亲合素(streptavidin-800CW)与尼龙膜上扩增产物进行孵育结合后,使用Odyssey近红外荧光成像系统对尼龙膜进行扫描成像,读取荧光信号。本实验通过对寡核苷酸分子、质粒和细菌基因组DNA的检测,证明了M-NIRF-sRCA的可行性。实验结果表明:M-NIRF-sRCA可定量检测寡核苷酸分子,灵敏度为0.17 fmol,检测线性范围是0.17fmol-0.35 pmol; M-NIRF-sRCA也可定量检测HPV质粒,最低可检测到0.25 fmol的高危型HPV16、 HPV18和HPV33分子,检测线性范围为0.25 fmol-4 fmol,并能实现6种HPV亚型的分型,包括高危型的HPV16、HPV18、HPV33、HPV35和低危型的HPV6和HPV11;另外,经过改善后,M-NIRF-sRCA又可定量检测DH5α gDNA,检测灵敏度达3.09 ng gDNA分子,相当于3000个细菌,可检测DH5a gDNA线性范围是3.09 ng-49.4 ng。综上结果表明,本论文成功的建立了一种基于尼龙膜和近红外荧光固相RCA检测核酸分子的新方法,该方法具有高灵敏度,为核酸分子的检测提供了新的生物医学工具。
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