社会公益类科研机构是对从事“社会公益事业、技术基础、农业科学研究类型”的科研机构的统称，目前这类机构主要分布在农业、卫生、资源、环境、公共安全等行业领域。社会公益科研以为全社会提供公共技术产品和公益服务为主，关系到公共利益和国计民生。几十年来，公益类科研机构在促进农业发展、抵御自然灾害、保障人民健康、保护生态环境等方面，取得了一批重要的科研成果，为我国经济和社会可持续发展做出了重要贡献。但由于改革相对滞后，社会公益科研机构力量分散重复、学科结构陈旧、机制僵化、人浮于事等问题比较突出；而且多年来投入增长缓慢，设施不足、设备老化、社会保障负担重、科技人员待遇低等问题也较严重。多种因素造成社会公益科研机构发展比较困难，科研创新能力不能有效满足国家和社会需求，成为当前国家创新体系建设中一个亟待加强的薄弱环节。随着经济、社会的不断发展，公益类科研机构成为国家科技体制改革的重点之一。　　 本文是基于系统科学中的自组织理论来撰写的，希望提炼出公益类科研机构发展规律与自组织理论之间的内在联系。文章第一章从自组织理论出发，构建了公益类科研机构发展自组织发展的理论，论证了公益类科研机构自组织发展的条件、动力、路径等机制。第二章在前文基础上，首先通过分析英国公益类科研机构发展的自组织机理，验证了公益类科研机构自组织发展理论的正确性。然后通过对我国公益类科研机构发展历程的梳理，以及对发展现状的概括，深刻分析了我国公益类科研机构发展状况所蕴含的自组织机理，证明并归纳了了公益类科研机构自组织发展的客观规律性。最后归纳并分析了我国公益类科研机构发展过程存在的问题，指出了阻碍公益类科研机构自组织发展的各种因素。第三章基于前文所构建的公益类科研机构自组织发展的理论，结合我国公益类科研机构分类改革的相关对策和建议，最终提出了笔者对于公益类科研机构未来进一步自组织发展对策的一些思路。　　 本文的主要创新之处在于构建了公益类科研机构自组织发展的理论，为公益类科研机构改革方向提供了理论依据，并结合国家公益类科研机构分类改革的相关政策，从自组织理论的事业提出了公益类科研机构自组织发展对策的相关思路。同时也为针对公益类科研机构及其发展的研究提供了新的思路、新的方法。本文最后部分，总结了本文得出的主要结论，同时指出了本文存在的局限性，并对未来研究进行了展望。