农业高校作为国家农业科技创新体系的重要组成部分，已经成为我国农业基础研究的主力军，成为提升农业自主创新能力、促进农业经济发展的重要推动力量。对农业高校的科研绩效进行系统评估，不仅对我国建设创新型国家、实施科教兴农战略具有重要的现实意义，而且有利于促进农业高校加强学科建设，促进学术队伍建设，提高科研绩效和综合竞争力。本文在综合参考已有研究和咨询高校科研管理者意见的基础上，设计了农业高校科研绩效评价指标体系，并以A农业大学为例，运用数据包络分析法（DEA），对A农业大学的10个主要学科的科研绩效进行有效性评价，分析了各学科科研绩效的差异和原因，研究了2004-2008年科研效率变化趋势。研究表明： ⑴2004-2008年，A农业大学科研整体运行效率良好，科研效率的平均值高达0．946，其中7个学科的科研效率较高，处于最佳规模收益状态。 ⑵从横向来看，作物学、畜牧学、兽医学、园艺学、林学、农林经管理、食品科学与工程的科研效率较高，环境科学与工程、农业资源利用和植物保护的科研效率相对较低。 ⑶从纵向来看，A农业大学的学科科研效率总体呈上升趋势。2004-2008年，环境科学与工程、园艺学、农业资源利用的科研效率都明显提高，而林学的科研效率有所下降。 ⑷基于研究结论提出如下政策建议：加强人才队伍建设，提高科研人员整体学术水平；夯实研究基地建设，增强学科持续发展能力；以科研项目驱动，促进农业高校学科发展；建立高效率的学科资源配置机制，全面提高科研绩效。