现代科学研究所涉及的样品越来越复杂,也对分析化学提出更高的要求。通常的—维色谱方法能够提供的峰容量有限,通过偶联两种不同分离机理的色谱柱,构建成二维液相色谱分离系统,可以极大地提高系统对复杂样品的分离分析能力。随着蛋白质组研究、环境科学、天然产物研究的发展,二维液相色谱也得到了较快的发展,多种分离模式结合的多维液相色谱分离系统被构建,并发挥重要作用。正相(NP)、反相(RP)、体积排阻(SEC)、离子交换(IEX)等不同的液相色谱分离模式,依据的分离机理不同,分离选择性也有很大差异。采用不同分离模式,甚至同一种分离模式采用不同种类色谱分离介质构建的多维液相色谱分离系统,在正交性和分离能力方面皆可能存在很大差异。将不同的一维液相色谱分离系统结合,构建成多维分离系统的关键是选择性、分离速度、流动相和样品容量等兼容性的解决,只有进行合理的匹配,才可能实现最佳的分离效果。论文将具有不同选择性的色谱柱串联,构建了无需特殊设计接口的IEX-RP、RP-RP和ZIC-HILIC-RP连续二维液相色谱系统。通过对流动相兼容性的系统考察,以不同流动相交替进行洗脱,实现了复杂样品的二维分离。IEX-RP连续二维分离系统分离多肽样品时,以进样盐梯度和有机相梯度交替洗脱,峰容量为675；RP-RP连续二维液相色谱系统分离六味地黄丸时,比一维分离时出峰数目提高了60%,识别出86个色谱峰；ZIC-HILIC-RP连续二维液相色谱系统,可以应用到多肽、蛋白质和中药的分离分析。二维液相色谱分离中第二维的分离速度是影响整体分析时间的关键。快速梯度程序和高温是实现快速洗脱的有效方法。考察温度对反相色谱分离速度、柱效、选择性的影响,研究温度对保留时间和柱效的理论关系,并使用标准样品进行验证,进一步构建高温二维液相色谱系统。通过将第二维分离的柱温升高至80℃,样品的分离速度明显加快,峰形更尖锐,峰容量更高；相比较常温二维分离,峰容量提高了13%,达到了1840。由于流动相不匹配,亲水相互作用色谱和反相色谱在线联用难以实现。亲水相互作用色谱法(HILIC)洗脱液中含有较高浓度的有机溶剂,无法直接导入反相色谱进行二维分离。通过构建稀释接口,将馏分中有机溶剂比例降低,进而构建了在线HILIC/RP二维液相色谱系统。使用三种标准品评价系统,证明该系统可以将第一维馏分中的大多数组份转移到第二维进行分离,强极性的组份不能导入到第二维进行分离时,由接口处的检测器获得其信息。分离多肽样品时识别出208个色谱峰,峰容量达2323。在线HILIC/RP二维液相色谱系统也被应用于天然产物、发酵液和蛋白质的分离分析。第二维使用短柱可有效改善二维液相色谱系统分析速度的兼容性,但也会带来样品容量不兼容的问题。基于中心切割模式的二维液相色谱系统,可以灵活地对第一维分离中超柱容量馏分进行收集,有效降低导入到第二维中样品的复杂程度。采用构建的中心切割IEX/RP二维液相色谱系统分离多肽样品,分离度和检测灵敏度明显获得改善,多识别出21个色谱峰。提高第二维色谱柱的容量和分离能力是增加二维系统峰容量的有效方法。将平行柱接口后串联分析柱,有效增加第二维的分离空间,从而构建了IEX/RP二维液相色谱系统,分离多肽样品的峰容量达707,比常规平行柱接口提高了44%。该系统还可以应用于小鼠血清和天麻的分离分析。