胎生蜥蜴(Zootoca vivipara)隶属于有鳞目(Squamata)蜥蜴科(Lacertian)蜥蜴属(Zootoca),是有鳞目中在种内水平呈现两种生殖模式的典型代表。我国胎生蜥蜴主要分布在黑龙江、内蒙古、新疆等地区,是我国分布最北线的蜥蜴物种。随着全球气候变化,对爬行动物的影响更为显著,生存现状面临极大的挑战,而保护生物学强调对生物多样性的保护,特别是对物种遗传多样性的保护。物种在长期进化过程中可能由于地理隔离而产生种内变异。本文对中国胎生蜥蜴不同种群线粒体DNA(mtDNA)Cytb基因序列和控制区D-loop部分序列进行测序。利用线粒体Cytb分子标记技术测定了中国7个种群的42个样本,比对后全长为1143bp,共获得9个单倍型,得到中国胎生蜥蜴地理种群间的遗传距离为(0.0000-0.00183),然后将胎生蜥蜴9个单倍型与GenBank上查到的胎生蜥蜴(Cytb)48个单倍型构建系统进化树。进化树中国VC6和VC9所聚的一支与东欧的单倍型VU1聚为一支,中国的胎生蜥蜴在进化树中并没有显示明显的地理分子系统结构。在GenBank上下载蜥蜴科已经上传的Cytb序列,经过比对分析以奥利诺科鳄(Crocody lusintermedius)作为外群,构建了蜥蜴科17个种的进化关系树。分子系统树除外群外明显分为两支,一支为麻蜥属,蜥蜴属、地蜥属、草蜥属和麻蜥属的虫纹麻蜥聚为一支,其中蜥蜴属的胎生蜥蜴和捷蜥蜴聚为一支,这与胎生蜥蜴的形态学分类地位是一致的。基于线粒体D-loop区测定了中国胎生蜥蜴七个种群的42个样本,结果显示有9个变异位点,共获得5个单倍型,七个种群间的遗传距离在(0.0000-0.00717)之间,利用最大似然法(MJ)构建的分子进化树显示:新疆布尔津种群与内蒙古额尔古纳种群聚为一支并与黑龙江呼玛种群聚为一支,同时这三个种群与内蒙古额尔古纳的另一个单倍型聚为一支。中国胎生蜥蜴不同地理种群间存在较为复杂的亲缘关系,从分子进化树中并没有发现各个地理种群间有明显的进化关系,种群间并没有按照地理分布区构成不同的谱系。并且新疆种群与内蒙古种群和黑龙江种群间存在较远的地理隔离,但各个种群之间存在明显的基因交流。