不同基因型HEV ORF3互作宿主蛋白的筛选与验证

来源 :西北农林科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xudjqing
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
戊型肝炎(Hepatitis E)是由戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)感染引起的一种急性自限性肝炎。孕妇感染HEV后死亡率可达到20%。近年来,戊型肝炎已成为危害人类健康的重要疫病之一,此外,其作为一种人畜共患病具有重要的公共卫生学意义。HEV属于肝炎病毒科,为无囊膜单股正链RNA病毒,哺乳动物HEV分离株可分为8个基因型,其中基因1和2型仅感染人,基因3型、4型和8型具有人畜感染性。在我国,人群中主要流行基因1型和4型,猪群中流行基因4型,兔群中流行基因3型。HEV ORF3蛋白是一种小的具有很强抗原性的磷酸化蛋白(p ORF3),长约113个氨基酸。近年来,随着对HEV ORF3蛋白深入研究,发现该蛋白与病毒的释放以及对宿主的致病损伤密切相关,但参与该过程的宿主蛋白却没有相关系统的研究报道,阻碍了HEV致病机理的深入研究。本课题选取人HEV基因1型SAR-55株、基因3型Kernow-C1株、基因4型猪HEV CHN-SD-s HEV株以及基因3型兔HEV CHN-SX-r HEV株的ORF3蛋白为研究对象,利用互作蛋白质组学系统分析了与上述不同基因型HEV ORF3蛋白互作的宿主蛋白的种类,并进一步利用生物信息软件分析了参与互作的宿主蛋白的生理功能以及在组织中的分布情况。其研究内容和结果简述如下:1.真核表达携带Fc标签的HEV ORF3蛋白首先,利用PCR成功扩增获得了预期350 bp大小的不同基因型HEV ORF3的基因片段,以及预期670 bp大小的Ig G Fc片段。通过Overlap PCR扩增获得了预期1030bp大小的ORF3与Fc融合基因。然后利用双酶切、连接成功构建了不同基因型HEV ORF3与Fc融合蛋白的重组真核表达载体:p CAGEN-SAR-55 ORF3-Fc,p CAGEN-Kernow-C1 ORF3-Fc,p CAGEN-s HEV ORF3-Fc,p CAGEN-r HEV ORF3-Fc以及p CAGEN-Fc。将重组表达载体转染HEK293T后,免疫荧光和Western blot实验证实不同基因型HEV ORF3与Fc融合蛋白成功在HEK293T细胞中获得表达。2.筛选并验证与不同基因型HEV ORF3蛋白互作的宿主蛋白利用Fc蛋白与Protein G结合的特性,通过Co-IP,获得不同基因型HEV ORF3蛋白与HEK293T细胞互作的宿主蛋白混合物,SDS-PAGE后银染分析发现,存在多个与HEV ORF3蛋白互作的特异性宿主蛋白。然后,将互作混合物经液相色谱-质谱串联技术进行鉴定,结果发现,与Kernow-C1 ORF3互作的蛋白有140个,与SAR-55 ORF3互作的蛋白有117个,与CHN-SD-s HEV ORF3互作的蛋白有134个,与CHN-SX-r HEV ORF3互作的蛋白有91个。韦恩图分析与四种不同基因型HEV ORF3蛋白共同互作的宿主蛋白有22个。使用Gene Ontology(GO)分析蛋白的功能和信号通路显示这些蛋白所处的细胞组分主要为细胞外分泌体,髓鞘,线粒体,主要参与基因表达的正调节和细胞粘附等生物学过程。根据质谱结果和蛋白的功能,从互作的22个宿主蛋白中选取MYPT1、MYO1D、DBN1和TXNDC5宿主蛋白,利用上述蛋白的特异性抗体,Western blot进一步验证其与HEV ORF3蛋白的相互作用。综合质谱结果和实验目的,为了研究ORF3的组装是否影响病毒的释放,确定内质网蛋白TXNDC5作为研究对象。3.宿主蛋白TXNDC5与ORF3蛋白互作区域的验证首先,RT-PCR扩增获得编码宿主因子TXNDC5的c DNA;然后,通过酶切、连接成功构建TXNDC5的真核表达载体p CAGEN-TXNDC5-Myc。与ORF3的真核表达载体p CAGEN-ORF3-Fc-His共转染HEK293T细胞,免疫共沉淀和Western blot进一步验证TXNDC5与不同基因型的ORF3的相互作用。利用生物信息软件,分析不同基因型HEV ORF3蛋白的功能区;通过PCR扩增不同功能区的ORF3蛋白片段,并构建真核表达载体,与p CAGEN-TXNDC5-Myc共转染HEK293T后,免疫共沉淀和Western blot验证ORF3蛋白和TXNDC5蛋白的互作区域在ORF3的N端(氨基酸5-23)区域,该区域在不同基因型的ORF3中高度保守,并且富含半胱氨酸。
其他文献
学位
1 目的制备蛇毒蛋白栓剂。建立相关分析测定方法,优化蛇毒蛋白栓剂处方、制备工艺,对其进行质量评价,同时考察蛇毒蛋白栓剂镇痛药理活性。2 方法(1)建立蛇毒蛋白体外分析方法和蛇毒蛋白栓剂体外溶出度测定方法,进行方法学验证。(2)通过单因素和正交实验,优化并确定蛇毒蛋白栓剂的处方和制备工艺,制备蛇毒蛋白栓剂,进行其质量评价。(3)采用热板法和醋酸扭体法进行蛇毒蛋白栓剂的镇痛实验。实验分为五组:空白组、
糖尿病是一种慢性的内分泌疾病,近年来,糖尿病患者人数迅速增长,但糖尿病并不能完全被治愈,并且抗糖药物常常伴有明显的副作用,因此寻找一种天然产物作为安全无毒的降血糖保健食品成为了研究热点。红松伞是一种食用真菌,多糖是其主要活性成分,但是关于红松伞多糖的研究甚少,只有少量有关红松伞多糖提取及基本理化性质的相关报道。因此,本论文以红松伞多糖为研究对象,研究红松伞多糖的口服降血糖作用及其机制,为红松伞的应
花椒是属于芸香科、花椒属(Zanthoxy L.)的落叶小乔木,原产于我国的古老栽培经济树种之一,集调味、香料、防腐、保健、增加食欲、抗癌、麻醉、镇痛等作用于一体,具有极高的经济价值,因此花椒的地位十分重要,这也就意味着花椒产业的健康发展事关重要。四川是我国花椒种植的主要地区之一,为了能详细的了解花椒的病害发生现状,我们对四川汉源县、盐源县、仁寿县、平昌县、三台县地区进行了实地调查,并对新发现病害
以多主体协同治理机制有效防范化解社会风险是推进国家治理体系和治理能力现代化进程中理论和实践共同关注的话题。信访事项体现了社会矛盾的汇聚焦点,可能引发涉访群体性事件、涉访突发事件、缠访闹访或以极端手段为代表的恶性事件,是基层社会治理的重要场域。L市村(居)民议事会公开评议信访事项是促成多主体协同治理、防范化解社会风险的基层探索。以SFIC协同治理模型为参照,对L市的探索实践进行分析研判,并从治理理论
组蛋白是核小体的重要组成部分,它的赖氨酸甲基化对于染色质结构和表观遗传具有重要意义。不同于组蛋白H3,组蛋白H4目前被发现的甲基化修饰位点只有H4K20。越来越多的证据表明,赖氨酸甲基转移酶(KMT)在很多细胞功能里扮演着重要角色。然而很多赖氨酸甲基转移酶的催化活性与底物还没有被发现。其中就包括属于SET家族的SETD6。已有报道,SETD6可以催化H2AZ形成H2AZK7me1。我们的前期工作发
磷(P)是植物生长所必需的第二大矿质元素,然而当前大多数农田中普遍存在土壤全磷含量高而有效磷含量缺乏的问题,远不能满足作物正常生长的需要,严重制约着我国乃至世界的农业发展,因此充分挖掘土壤磷库、提高植物的磷素利用效率成为当前农业生产与实践中急需解决的问题。玉米(Zea mays L.)和紫花苜蓿(Medicago sativa L.)分别是东北农牧交错带重要的粮食作物和多年生豆科牧草,二者间作对于
差异表达基因一直以来被认为是不同表型的关键因素,导致细胞命运决定,疾病发展和适应性进化。传统的差异表达基因分析只根据表达水平识别出差异表达的基因,但我们缺乏对其背后调控因子变化的认识。近年来,海量高质量表观数据的获得使表观基因组在转录调控的作用得到了充分研究。但是相关能够挖掘隐含在表观修饰中的深层信息的比较方法却很有限。而且现有的方法大多利用组蛋白修饰的原始信号或染色质状态的绝对水平来揭示不同条件
受到新医疗体制改革的影响,公立医院作为我国重要的事业单位,内部审计制度的不断优化和完善,有效提升了医院内部管理质量,促进了医院长期稳定发展。但是,在部分公立医院内部审计管理中仍然存在一些问题,严重阻碍了内部审计机制的建立完善。文章针对新时期公立医院内部审计机制的建立及完善措施进行深入分析,希望可以有效提升内部审计管理质量,促进公立医院更好的发展。
哺乳动物中的印迹基因以亲本特异性的方式进行表达,现阶段已有数百个印迹基因在人类和小鼠中鉴定出来,虽然印迹基因数目所占全基因组的比例非常小(<1%),但是印迹基因在生物个体胚胎发育、胎盘形成、谱系发育以及出生后的生长发育等过程中发挥着重要的调控作用。在人类中,印迹基因表达异常时会引起一系列疾病的发生,影响个体的正常生长和发育。印迹基因的重要生物学功能促使研究人员重点关注印迹基因亲本特异性表达的分子机