明清之际,“天崩地坼”。在变幻莫测、艰苦困穷的时世之中,蕺山学派的学者们经历着非同寻常的人生境遇,因而磨砺出伟大的道德精神与卓绝的思想学术。当时学者大多致力于救正阳明后学的流弊,重道德践履与经世致用,不喜形上玄远之学,学风渐趋笃实；学术则由王学转向朱学,再由朱学转向考据之学。在刘宗周看来,阳明后学的弊病在于道德践履的忽视与义理阐发的矛盾。为了“救正”阳明后学的流弊,他提出诚意慎独之学以解决朱子、阳明理论上的矛盾；倡导证人改过之说,以《人谱》为中心提出了一整套严谨、细密的践履工夫；通过《圣学宗要》、《皇明道统录》等书重新梳理宋明理学；回归经典文本,在其《四书》学、《易》学、《三礼》学相关论著之中已经部分引入了考据学的方法。蕺山学的形成还与三个因素有关：许孚远的教导以及周敦颐、朱子等先儒的影响；与周应中、刘永澄、高攀龙等东林友人的交游；证人书院的讲学以及跟陶爽龄与姚江书院派学者以“意”为中心的论辩。蕺山学最大的特点是“统合性”,刘宗周将“慎独”作为统合一切工夫的工夫,“敬”、“静”以及“诚意”等提法都可归入“慎独”工夫。对道德践履的重视也是蕺山学一大特点,《人谱》标志儒家内圣、成德之学的最后完成,《人谱》的思想内容与慎独之学有着密切的关系,《人谱》对刘门弟子以及后世儒学的发展都有着深远的影响。此外蕺山学还存在着内圣与外王的紧张,刘宗周遭遇三次革职为民,这主要是因为他的外王之学是从“格君心之非”的内圣之学发展出来的。刘宗周殉节之后,蕺山学派开始分化。他的三大弟子张履祥、陈确、黄宗羲对明亡清兴各自有着不同的反思,因而对如何编辑“刘子遗书”有不同的看法,对蕺山学也有不同的取舍。其中,张履祥与陈确都继承了刘宗周重践履的特点。张履祥选择程朱理学作为道德践履的思想资源,由王学转向朱学之后开始“尊朱辟王”,这其实是刘宗周以朱学救正王学理路的进一步发展,其用意也在于解决王学所带来的义理上的弊病。与张履祥相比,陈确在学术上更为大胆,已经部分越出理学的矩矱,开始对宋儒的理学进行批判,怀疑宋儒崇信的《大学》非“圣经”,他的学术正好反映了清初玄远之学的没落。陈确还致力于弘扬刘宗周的证人改过之学,提出“素位之学”作为道德践履的思想资源。黄宗羲对道德践履与思想学术的关系的看法集中于“一本万殊”学说,认为“各人自用得着者为真”,反对王学、朱学的门户之见。与张履祥、陈确相比,黄宗羲对刘宗周的继承更为全面,一方面他继续梳理宋明理学,以“师说”为指导编撰了《明儒学案》与《宋元学案》；另一方面在甬上证人书院的讲会中倡导考据之学,开创了清代浙东经史学派。这三大弟子以及其他刘门弟子彼此之间也有学术交流与学术论辩,特别是围绕陈确的《大学辨》、《性解》的论辩,正好体现他们各自对学术转型的不同看法。全祖望作为蕺山学派再传、私淑的代表人物,与万氏兄弟的不同之处在于对蕺山之学的承继与对蕺山学派的表彰。补修《宋元学案》将刘宗周、黄宗羲梳理宋明理学的事业最终完成；撰写《梨洲先生神道碑文》、《子刘子祠堂配享碑》对后世认识蕺山学派起到了重要作用。