生态补偿制度中主体的确定是生态补偿制度建立的基础,生态补偿制度的运行首先面临“谁补偿谁”的问题,这也是推动生态补偿制度前进的关键。理论上,一般根据主体在生态补偿制度中的地位不同分为补偿主体和受偿主体两类。在实践中,生态补偿制度初期,具体表现为政府主导,这有利于生态补偿统一规划,提高生态补偿效率,但随着生态补偿实践的推进,单一的政府补偿不利于形成开放的生态补偿主体体系,还可能背离生态补偿立法与实践的客观需求,市场主体的引入弥补了这一缺憾,以权属明确为一般前提推动企业、公民参与生态补偿,有利于促进各利益相关者之间的合作。本文以“谁受益谁补偿”作为生态补偿制度中的主体确定原则,对生态补偿制度中的主体相关立法实践及问题进行了分析,借鉴国外生态补偿制度关于主体实践经验,从政府和市场两个角度引入国外发展成熟的生态补偿方式,为法律层面上政府、企业、公民的主体资格完善及其落实提供参考。这不仅改变了政府作为补偿主体的唯一模式,而且其他主体的参与推动了生态补偿多元化的发展。本文认为生态补偿制度的有效实现,需要政府和市场主体的相互依存、共同作用,政府的发挥不排斥企业、公民作为生态补偿制度主体的参与,企业、公民以市场方式进行生态补偿也依赖政府的引导,两者的良性循环是保障生态补偿制度持续运行的重要条件,只有这样才能促进生态利益分配公平的实现,有利于生态文明的建立。