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种质资源的创新及其遗传研究是育种的物质基础,通过早代选择方法提高育种效率,可以多快好省地选育出优良的玉米杂交种,对促进我国玉米生产和农村经济发展均具有十分重要的意义。本研究以玉米杂交种阿单9号的S2和S4代株系,及其用不同杂种优势群的骨干自交系为测验种配制的相应测交组合为研究材料,利用SSR分子标记技术,对不同世代株系的遗传差异及其与产量配合力和杂种优势间的相关性进行分析,以期为玉米早代株系选育和杂交组合选择提供参考。主要研究结果如下：1.S2代株系的遗传差异分析结果,用20对SSR核心引物在52个S2代株系中共检测到61个等位基因变异,每对引物分别检测到1-7个等位基因变异和1-9个基1因型，平均分别为3.1个和4.7个;株系间的遗传距离为0.038-0.481,平均值为0.176；以遗传相似系数0.76为闽值,采用类平均法(UPGMA)将52个S2代株系划分为7大类群,其中A9-22和A9-37单独聚为一类,其余株系类群或亚群与系谱来源基本一致。2.S4代株系的遗传差异分析结果,20对SSR核心引物在22个S4代株系中共检测到39个等位基因变异,每对引物分别检测到1-3个等位基因,平均1.95个,每对引物检测到的基因型数为1-3个,平均2.15个;株系间的遗传距离为0-0.362,平均为0.195；以遗传相似系数0.85为闽值,用类平均法(UPGMA)聚类,将其划分成4大类群,其聚类结果与系谱来源一致。3.株系遗传差异位点分析表明,52个S2株系间差异位点数变幅为2-37个,且来源于同一S1代的S2代株系间的差异远小于其不同来源的S2代株系间的差异；22个S4株系间差异位点数变幅为0-23,同样,来源于同一S2代的S4代株系间的位点数差异小于其不同来源的S4代株系间的差异,其中A9-5131与A9-5133之间未检测到差异,其相应的测交组合亦有相同表现,疑似有早代稳定迹象。由此可见,S：代是急剧分离世代,育种实践上应注意增加S：代株系中优良单株的选择数量；随着世代的增加,株系逐渐稳定,应多保留来源不同的S4优良株系,适当减少同一株系内的选株数量。分析发现,在S2代株系之间差异位点数较大的株系,其衍生的S4代株系之间差异也大,而S2代之间差异小的株系在相应的S4代株系间更小,表现出有加速稳定的趋势,育种上应针对性地加以利用。4.株高和穗位高差异分析表明,来源于同一S1的S2株系间其平均株高和穗位高存在显著差异,且多数S：株系内部变异幅度较大,变异系数较高,整齐度较低；来源于同一S2株系的不同S4株系间,部分株系株高差异显著,而穗位高之间均存在显著差异,同时S4代株系内株高和穗位高的变异比S2代小,表明其群体整齐度逐渐提高。5.相关性分析结果,不同测验种配制的组合,其双亲遗传距离与相应组合单株产量特殊配合力之间相关性在2个世代均不显著,与杂种优势之间的相关性亦不显著。因此,在育种实践中,不能片面追求以双亲遗传差异的大小作为亲本选配的指标。但本研究中,来源于不同优势群测验种组配的组合,其杂种优势表现存在很大差异,说明杂种优势模式的选择更加重要。