小盾壳科（Microthyriaceae）与微盾壳科（Micropeltidaceae）真菌是一类具有盾状囊壳和双囊壁子囊的真菌，这两科真菌国内外研究报道很少。依据目前的分类大纲小盾壳科包含了50个属，微盾壳科24个属，它们主要寄生于植物的叶片上或是腐生于枯枝落叶上。　　本研究依据分类大纲，以各属的模式种标本和采集标本为研究材料，通过形态学上的显微结构特征和基于ITS、LSU、及SSU等3个基因片段的分子系统学研究，初步探讨了各属的分类地位以及系统发育关系，建立了小盾壳科的一个新属，发现了微盾壳科模式属的一个新种，从而建立了这两科真菌的更为清晰、更趋于自然的分类系统。主要研究结果和结论如下：　　通过对小盾壳科的35个属的模式种以及1个新属的形态学特征和显微结构的研究，目前，我们暂时仅将7个属仍然放置于小盾壳科（Arnaudiella Petr.,Calothyriopsis H?hn.，Caribaeomyces Cif.，Microthyrium Desm.，Palawania Syd.& P. Syd.，ParamicrothyriumH.X. Wu& K.D. Hyde.，Seynesiella G. Arnaud.）。我们将隶属于小盾壳科的10个属移置于星盾炱科（Asterinaceae）：Asterinella Theiss.，Asterinema Bat.& Gay?o.，Asteritea Bat.& R. Garnier.，Govindua Bat.& H. Maia.，MaublanciaG. Arnaud.，Polycyclinopsis Bat.A.F. Vital& I.H. Lima.，Polystomellina Bat.& A.F.Vital.，Resendea Bat.，Trichopeltospora Bat.& Cif.，Xenostomella Syd.。将小盾壳科的2个属Cirsosina Bat.& J.L. Bezerra.和Lembosiella Sacc.放置于Aulographaceae科。我们认为Trichothyrium Speg.属，以及Actinopeltis H?hn.属的模式种Actinopeltis peristomalis H?hn.重新命名为Trichothyrium peristomalis(H?hn.) H.X. Wu& K.D. Hyde, comb. nov.归于Trichothyrium属，Trichothyriopsis Theiss.属的模式种Trichothyriopsis densa(Racib.) Theiss.，我们使用它的同物异名Trichothyrium densum Racib.且将其并于Trichothyrium属，和Lichenopeltella H?hn.属，Trichothyriomyces Bat.& H. Maia.属，Macrographa Etayo.属，Pachythyrium G. Arnaud ex Spooner& P.M. Kirk.属，全都放置于Trichothyriaceae科更为合适。通过，对于小盾壳科中的Asteronia(Sacc.) Henn.属，Dictyoasterina Hansf.属，Tothia Bat.属的研究我们认为这3个属应置于Venturiales目。通过对MuyocopronSpeg.属，Seynesiopeltis F. Stevens& R.W. Ryan.属的研究，目前，我们暂时放置于座囊菌纲（Dothideomycetes），还不能进一步的确定其分类地位。HidakaeaI. Hino& Katum.属暂放置于Hypocreales目。Helminthopeltis Sousa da Camara.属放置于斑痣盘菌科（Rhytismataceae）。将Actinomyxa Syd.& P. Syd.属归于肉星裂壳科（Stictidaceae）。Stegothyrium H?hn.属十分有趣，具有类似于双囊壁的子囊，但其又具有单囊壁子囊的结构；因此，我们将该属暂时放置于子囊菌门中（Ascomycota generaincertae cedis）。Byssopeltis Bat., J.L. Bezerra& T.T. Barros.属和Caudella Syd.& P. Syd.属从小盾壳科中排除置于微盾壳科中。　　目前，通过对微盾壳科的14个属的模式种以及该科模式属新种的形态学特征研究，暂时仍将8个属放置于微盾壳科：Chaetothyrina Theiss.，Dictyopeltella Bat.& I.H. Lima.，Dictyothyriella Speg.，Haplopeltheca Bat.,J.L. Bezerra& Cavalc.，Micropeltis Mont.，Stomiopeltis Theiss.，Stomiopeltopsis Bat.& Cavalc.，Stomiotheca Bat.。我们将Bonaria Bat.属从微盾壳科中排除并放置于星盾炱科（Asterinaceae）。Mitopeltis Speg.属的形态特征与微盾壳科不同，被置于Microthyriales incertae cedis更为合适。Polypedia Bat.& Peres.属从微盾壳科排除，放置于Parmulariaceae科。Dictyopeltis Theiss.属，Hansfordiopsis Bat.属，Stigmatophragmia Tehon& G.L. Stout.属依据于形态学特征，我们暂时只能将它们放置于Ascomycota generaincertae cedis这个类群，更为适合的分类地位需要进一步研究。　　Scolecopeltidium F. Stevens& Manter.属隶属于小盾壳科，形态学特征与微盾壳科更为相似。通过对Scolecopeltidium F. Stevens& Manter.属的形态学特征进行了研究，发现该属建立式没有指定模式种。我们借阅到F.L. Stevens建立该属时，所包含的全部种。我们指定Scolecopeltidium mirabile F. Stevens& Manter作为该属的模式种，将Scolecopeltidium hormosporum F. Stevens& Manter仍放置于该属。Scolecopeltidium liciniae F. Stevens&Manter（寄主为Licenia sp）应该从该属排除，放置于Scolecopeltis属。建议Scolecopeltidium costi F. Stevens& Manter和Scolecopeltidium multiseptatum F. Stevens& Manter，以及Scolecopeltidium liciniae F. Stevens& Manter（寄主为Marantaceae科植物）从该属排除，放置于Micropeltis属更为合适。　　分子系统学方面的研究表明：对采集标本的研究中，建立了2个新属Paramicrothyrium H.X. Wu& K.D. Hyde, gen. nov.属和Neomicrothyrium Boonmee,H.X. Wu& K.D. Hyde, gen. nov.属，并得到分子数据的支持。鉴定了Micropeltis属的1个新种Micropeltiszingiberacicola H.X. Wu& K.D. Hyde, sp.nov.。系统发育树上显示，Micropeltiszingiberacicola与Paramicrothyrium chinensis在具有盾状囊壳的真菌中，显示出更高的遗传多样性。Neomicrothyrium siamense与水生真菌中的Natupusilla属亲缘关系较近，但是没有明显相似的形态特征。Tothia fuscella（epitype）与Venturiaceae科聚为一枝，支持率为97％；同时，分子数据表明小盾壳（座）科和微盾壳（座）科真菌为非单起源类群。