中国汉赛巴尔通体的分子分型研究

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汉赛巴尔通体是巴尔通体属中重要的人兽共患病病原菌,具有广泛的致病性,可累及全身各组织和器官。猫抓病是其主要致病种类,一般表现为良性自限性。但是一旦机体免疫功能降低,则可能发生严重的全身病症,极个别还会导致死亡。研究认为汉赛巴尔通体某些亚型的分布具有地理特异性,并与其所致疾病的种类和强度有关,其他国家的研究者已将多种分子方法应用于汉赛巴尔通体的亚型分析,而在中国,目前还没有关于汉赛巴尔通体种类多样性的报道,我们对该病原体在中国的基因型别差异、群体结构特征和分布情况还缺乏了解,对国内外同类分离株的差异还不清楚。为回答上述问题,本研究通过多位点序列分型(MLST)、多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和基因组单核苷酸多态性(SNP)分析等方法,并结合实验室前期的脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型数据对中国汉赛巴尔通体作了全面的分子分型分析。应用MLST方法将近几年实验室保藏的80株汉赛巴尔通体分为3个序列型(ST),其中ST1占分离株总数的90%(72/80),ST9和ST30分别占8.25%(7/80)和1.25%(1/80)。系统发育分析表明,3个序列型来自一个克隆群,一方面提示中国汉赛巴尔通体由高度克隆化的菌株进化演变而来,并随着时间的变迁,积累一些散在变异;另一方面,提示目前的MLST方案不适合于中国汉赛巴尔通体菌的流行情况调查,广泛存在的ST1菌株间的变异需要分辨能力更强的方法来发现。同时,我们在实验室建立了分辨力更高的MLVA方法,用以比较中国和英国汉赛巴尔通体分离株的基因型别差异。在选用的6个VNTR位点中,各自的分辨力Nei’s指数在0.54~0.90间,位点联合之后将84株菌分为53种不同的MLVA型(MT),总的分辨力指数达到0.98。聚类分析显示该MLVA方法能将参与分析的菌株分为Group A和Group B两个类群,其中Group A包含的7株菌全部来自英国,余下所有菌株属于Group B。Group B又可被分为Group B1和Group B2两个业群及B2中的5个小类。不同的业群和小类表现出菌株不同的地理分布特征。最小生成树图将参与分析的62株ST1汉赛巴尔通体分为6个类群,提示ST1菌株内部的复杂多样性。7株ST9细菌也有1株分到ST1所在类群中,反映出菌株可能的进化演变途径。为进一步了解ST1菌株间的变异情况,我们用应用生物系统公司的SOLiD测序仪对分离自中国不同地点和时间的4株ST1细菌进行重测序,做基因组水平的SNP分析,4株细菌的MT和PFGE结果也互不相同,同时参与分析比较的还有8株分离自英国的不同ST菌株。结果显示,一共有9566个SNP位点分布于12个测序菌株,ST1的SNP数目范围在374-1932间。基于SNP的系统发育树能将所有ST1菌株分开,显示出基因组SNP分析的强大分辨力。同时发现一个有趣的现象,中国的4株ST1细菌被分为2个分支,其中一株与作为参考菌株的ST1聚到一起,而其余3株自成一支。提示ST1内部存在变异体,但变异有限,可能形成另一个亚克隆群,而当前的MLST方案未能发现。通过基因组SNP数据对MLST方案进行改进,应用于分离菌株,我们找出了隐藏于ST1中的亚型,使MLST结果与SNP分析一致。同其它两种分型方法比较,发现改进后的MLST方案与MLVA聚类结果部分吻合,而完全对应于PFGE分出的2大类群,综合各方法的分型能力,推荐使用MLST与PFGE联合使用的办法调查汉赛巴尔通体的流行病学特征。同时,基因组测序数据提供了关于汉赛巴尔通体菌株内部的基因表达和蛋白编码方面的变异特征,还需要进一步分析。
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