基于TCGA数据库构建食管癌miRNA预后模型

来源 :河北医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jerry_ic
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:利用生物信息学方法,构建食管癌miRNA预后模型,探讨其应用价值。方法:采用回顾性队列研究方法。从TCGA数据库下载食管癌患者miRNA测序数据和临床数据,其时间为自建库起至2020年9月。共纳入197个样本,包括184个食管癌组织和13个癌旁组织。对食管癌组织和癌旁组织进行差异表达基因分析,提取差异表达miRNA食管癌组织样本miRNA测序数据并与临床信息匹配,并随机分为训练集(n=100)和测试集(n=84)。训练集用于构建模型,测试集用于验证模型效能。在训练集中,进行LASSO-COX分析得到食管癌miRNA预后模型。分别在训练集和测试集中以AUC和C-index评价模型效能。应用Kaplan-Meier方法绘制生存曲线并计算生存率,采用Log-rank检验进行生存分析。将食管癌miRNA预后模型所得评分与食管癌患者临床预后信息进行单因素及多因素分析,结果以HR和95%CI表示,HR>1证明该因素为保护因素,HR<1证明该因素为危险因素,HR=1证明与生存无明显影响。结果:1.差异表达miRNA共筛选出132个差异表达miRNA,其中包括86个miRNA在食管癌组织中上调,46个miRNA在食管癌组织中下调。2.miRNA预后模型的构建miRNA预后模型表达式为,风险评分=(hsa-mir-1269表达量)×0.144+(hsa-mir-3651表达量)×0.232+(hsa-mir-641表达量)×0.320+(hsa-mir-935表达量)×0.268。这4个miRNA在食管癌组织中均上调,对比癌旁组织其差异表达倍数分别为14.84、2.92、3.27、3.65倍。3.miRNA预后模型的验证和效能评估在训练集和测试集中,miRNA预后模型的C-index指数分别为0.759和0.623。AUC显示此miRNA预后模型预测TCGA数据库食管癌患者1、3、5年生存率分别为0.738、0.698、0.811。4.miRNA预后模型与TNM分期比较在训练集和测试集中,miRNA预后模型与第8版TNM分期对食管癌患者2年生存时间预测概率分别为0.823、0.756和0.753、0.736。在低TNM分期和高TNM分期中,miRNA预后模型与第8版TNM分期对食管癌患者2年生存时间预测概率分别为0.72、0.574和0.903、0.548。5.影响食管癌患者预后的相关因素分析单因素分析结果显示:肿瘤TNM分期、肿瘤N分期、肿瘤M分期、肿瘤分级和miRNA风险评分是食管癌患者预后的相关因素。多因素分析结果显示:肿瘤TNM分期、miRNA风险评分是食管癌患者预后的独立危险因素。6.miRNA靶基因预测和富集分析hsa-miR-1269a、hsa-mi R-1269b、hsa-mi R-3651、hsa-mi R-641、hsa-mi R-935的靶基因分别有98、129、442、343、78个。GO富集生物过程分析显示,靶基因主要集中于细胞粘附、各种器官发育等生物学过程;细胞成分分析显示,靶基因主要集中于泛素蛋白酶体系、细胞器及质膜成分等方面;分子功能显示,靶基因主要集中在与组蛋白乙酰转移酶及Smad蛋白结合方面。KEGG通路富集分析结果显示靶基因主要参与PI3K/Akt、c AMP、细胞分解代谢自噬等信号通路。结论:基于TCGA数据库得到的由hsa-mir-1269、hsa-mir-3651、hsa-mir-641、hsa-mir-935组成的食管癌miRNA预后模型具有良好的灵敏度和特异性,可作为可靠的预测食管癌预后的生物标志物。其预测食管癌患者预后优于TNM分期,且此模型对于同一临床分期的患者,还可以进行分层、预测其预后。
其他文献
随着《社区矫正法》的公布,在未成年社区矫正对象中开展心理矫治工作,具有科学的理论根据和一定的实践基础。深化对未成年矫正对象心理矫治的认知,定位心理矫治项目在未成年人社区矫正工作中的地位和作用,探讨制度建构和保障措施的具体化,以期完善未成年矫正对象心理矫治体系的构建,促进未成年矫正对象最终的矫治和回归。
学位
本文立足于大数据环境下,重点探讨大数据环境下小学数学课堂培养学生核心素养的教学策略。旨在通过本文研究,为一线教师提供借鉴参考,实现大数据与数学教学的深层次融合,于课堂教学中落实核心素养。
学位
学位
目的:胶质母细胞瘤(Glioblastoma multiforme,GBM)是侵袭性最强、最难治愈的恶性肿瘤之一,占原发性脑肿瘤的52%,5年病死率仅次于胰腺癌和肺癌位居全身恶性肿瘤的第3位,严重威胁人类健康。因此,对其发病机制和治疗策略的研究具有重要意义。目前治疗方法包括手术切除、放疗、全身治疗(基于替莫唑胺的化疗、靶向治疗)和支持性治疗等。然而,即使采用这种多模式联合治疗策略,患者平均生存时间
二肽基肽酶样蛋白6(Dipeptidyl peptidase-like protein 6,DPP6)可作为辅助亚单位与钾通道相互作用蛋白(K+channel-interacting protein 2,KCh IP2)共同构成心脏电压门控性钾通道4(Voltage gated potassium channel 4,Kv4),成为瞬时外向钾电流(Transient outward potassi
学位
学位
目的:在法医实践中经常遇到受害人在遭受限制人身自由如持续捆绑、束缚后出现不同程度精神损伤的案件。但由于损伤机制不明确,对这类事实的认定尚缺少系统合理的科学解释,因此难以出具客观公正的鉴定意见。此类案件的共同特点是当事人经受束缚、捆绑后常发生强烈的精神心理应激反应。深入探讨过度应激引发机体精神损伤的机制对于揭示此类非直接暴力性损伤引起的精神损伤甚至死亡的机制具有重要意义。本实验室前期工作证实,应激可