高新技术产业在推动经济增长、保障国家安全、促进社会进步等方面发挥着越来越重要的作用,正日益成为一个国家获取国际竞争优势的决定性因素。以高新技术产业聚集、跨越发展为主要目标的科学城、工业园、开发区等创新区域的构建已成为世界各国发展高新技术、培育新兴产业、创造新的经济形态、引领世界经济科技发展最重要的战略手段之一。区域创新体系建设是创新区域构建的重要内容,是一项综合性较强的复合系统工程,而不是单项活动或某个简单环节。创新主体对区域内资源所进行的各种互动的、有组织学习行为构成区域创新的重要内容,需要依靠企业、政府、高校和科研机构、中介机构等多个主体共同联动、协调配合才能得以完成。而经济发展一般规律表明,经济发展对资源的依赖关系具有明显的阶段性特征,是一个动态的系统过程。创新主体的功能定位及转换有效的明确了主体在国家高新区的角色,能够更有效的进行资源配置,发挥主体的创新功能,主体的绩效评价则为创新主体间功能转换提供了依据。国家高新区内创新主体之间有序而有机地结合,才能使区内竞争优势得以体现,同时发挥高新区的集群扩散效应,顺利完成科技创新成果的不断扩散,与周边地区形成功能互补和联动发展,真正实现高新区在经济效益、发展方式的转变以及自主创新上的功能带头作用。在继承和借鉴国内外已有的关于区域创新理论、产业竞争优势等研究成果的基础上,界定国家高新区创新体系的概念、构成要素及框架；运用博弈理论分析各主体间的动态关系,在此基础上明确国家高新区不同创新主体的各项功能；运用PEAI模型、模糊数据及系统动力学,判别主体间功能转换的条件；并构建国家高新区创新主体功能绩效评价指标体系,结合国家高新区“二次创业”的阶段特点,提高创新主体的功能绩效,进一步增强高新区的自主创新能力,使高新区成功实现五个转变,使全国高新区实现网式联动效应,从而丰富与完善区域创新体系,为国家高新区的发展提供科学的理论依据、方法、思路和对策建议。文章分为四个部分：第一部分为基础理论,包括第一、二章,在明确了研究目标和研究意义基础上,以国家自科基金《产品-产业-区域的集成创新理论与实证研究》、国家社科基金《我国重点产业自主创新平台研究》为支撑,比较了国内外相关理论研究,简述了研究内容和研究方法；阐明了国家高新区创新体系的内涵和组成,以及运行过程中的基础工具。第二部分为理论研究,包括第三、四、五章,在界定了国家高新区创新体系中主体结构与功能定位的基础上,分析了国内外高科技园区功能演变的模式与转换机理；分别从生命周期、规模和技术两个维度阐述了主体间功能转换的条件判别。第三部分为实证部分,包括第六、七章,基于主体功能定位的基础上,建立国家高新区创新主体功能的绩效评价指标体系,并运用熵值法与DEA的CCR模型分别从系统绩效水平、系统运行效率对2005-2009年的国家高新区数据进行了实证分析,提出了提升主体功能绩效的三种路径对策。第四部分总结部分,即第八章,总结了研究结论和创新点,指出了所存在的不足,并对创新主体间功能转换的发展趋势进行展望。