《行政诉讼法》于2014年修改时将行政协议纳入进行政诉讼的受案范围,行政协议的身份终于得到了确认。但由于相关理论与制度研究的缺乏,导致行政协议在类型判断、效力认定、证明责任分配、判决形式适用等诸多方面尚未形成较为系统完备的标准。制度的缺失导致了实践中行政协议纠纷不能得到实质性解决,而构建一个合理的行政协议诉讼证明责任分配规则是解决纠纷的关键,考虑到行政协议集公权力与合意性为一体,其自身的复杂性注定证明责任的分配异于传统行政行为诉讼,也不能原封不动适用民事合同证明责任规则。2019年新出台的《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》（以下简称《行政协议解释》）第10条首次针对行政协议的特殊性,对此类诉讼中原被告证明责任的承担作出了详细规定,但是该条文自身存在分配标准不清的问题,并与当前行政协议诉讼实践存在一定的不适配性。本文通过分析相关法律条文,明确行政协议诉讼双方当事人各自应承担的证明责任的法定范围。于行政协议审判实践中提炼出不同诉讼种类下证明责任分配的操作规则,并提出应在各行政实体法中找寻行政协议证明责任分配的具体标准,从而使我国行政协议诉讼证明责任分配规则得到完善。除引言和结语外,本论文由以下四部分构成:第一章是行政协议证明责任的含义与类型,本部分首先梳理了域外及我国行政协议证明责任发展的历史脉络,探究其本质并分类讨论不同的证明责任类型;立足于不同的诉讼模式分析了行政协议证明责任分配的特殊之处;区分了行政协议证明责任与相关概念;最后对本文的研究对象作出界定。第二章是行政协议案件证明责任的现有分配规则。本部分首先介绍了行政诉讼证明责任分配的一般规则,即由被告对行政行为合法性承担证明责任,其余事项则采用原被告共同分担证明责任的多元模式,相对人则须证明其起诉符合法定条件,在行政不作为案件以及行政赔偿案件中也要承担一定的证明责任;再根据《行政协议解释》中的相关规定,解读了该司法解释中确立的分配规则,具有法定职权、履行法定程序、履行相应法定职责以及订立、履行、变更解除行政协议等行为的合法性由被告承担证明责任,原告须就其主张的撤销、解除行政协议的要件事实承担证明责任,负有履行义务的当事人在行政协议是否履行产生争议时承担证明责任,此外,法院在审理行政协议案件时可参照适用民事诉讼法的相关规定,由双方当事人分别就对其有利的案件事实承担举证证明责任;最后,分析了《行政协议解释》中确立的证明责任分配规则在具体行政协议案件中的应用。第三章是行政协议证明责任分配规则的适用困境。本部分主要就当前行政协议证明责任分配规则所出现的问题进行论述,主要从分配标准、实践中证明责任制度的适用逻辑、法官的自由裁量权三个方面展开。第四章是我国行政协议证明责任分配制度的建构。本部分认为该制度的建构应该坚持当事人主义、处分权原则以及法定原则,将证明责任分配看作是实体法问题,以规范理论为指导分配行政协议证明责任,以法官的自由裁量完善证明责任的分配,必要时应允许法院依职权调查补充证据,同时,当事人自认及反证的证明权利也应得到保障。