为了建立和完善基本医疗卫生制度，促进“人人享有基本医疗卫生服务”目标的实现，政府出台了多项相关政策，其中如何完善补偿机制成为重中之重。采取何种补偿机制才能科学有效地进行资金投入，保证基层医疗卫生机构平稳发展，既要遏制“以药养医”的现象，又能维护医务人员的基本利益，吸引患者到基层医疗卫生机构就诊，减轻患者负担，成为迫切需要解决的问题。基于此，本研究以博弈论、利益相关者理论等为理论基础，结合合作博弈论、委托—代理理论、系统动力学等方法，针对国内基层医疗卫生机构补偿机制普遍存在投入不足、分配不公平、监督体系不完善、激励机制欠缺等问题，从机制设计入手，通过合作博弈论和利益相关者理论的有机结合，即政府—基层医疗卫生机构—医务人员—患者四大主体，找寻各博弈方的真正利益需求，系统地分析主体之间的内在联系。本文的主要内容如下：　　1.总结归纳国外主要发达国家药品补偿机制的典型模式，并分析典型模式的适用条件和优缺点，提炼出适合我国国情的药品补偿机制的思路；从补偿标准、渠道、模式、监督四个维度分析了我国现有药品零差率销售补偿模式，剖析了我国药品零差率销售补偿机制存在的主要问题。　　2.以利益相关者理论和合作博弈论为理论为基础，结合基层医疗卫生机构的现状和特点，对基层医疗卫生机构药品零差率销售补偿机制主要利益相关者间的利益博弈进行了梳理和分析。　　3.运用系统分析和系统动力学的方法，构建了基层医疗卫生机构药品零差率销售补偿系统的系统动力学模型和药品零差率销售补偿机制概念模型，为补偿机制完善提供了理论方法和依据。　　4.以滨海新区基层医疗卫生机构实际情况为例，进行补偿机制影响因素探析，从而发掘制度设计的改进方向，完善补偿机制的内容与功能，为政府科学的对基层医疗卫生机构进行补偿和引导提供理论方法与依据。　　最后，根据上述研究，提出完善药品零差率销售补偿机制的政策建议，并对全文内容进行总结，指出进一步研究的方向和重点。