一株鹅呼肠孤病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

来源 :扬州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:cramzhou
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
近年来,江苏地区许多鹅养殖场陆续发现一种感染雏鹅为主的以出血性坏死性肝炎为特征的病毒性传染病。我们以发病鹅场采集患病鹅的实质性器官为病料,通过接种SPF鸡胚进行病毒的分离,并结合临床症状和病理变化,通过PCR、RT-PCR等分子生物学技术对病毒进行鉴定,确定为鹅呼肠孤病毒。暂时将本分离株命名为GRV JS2012。为了确定该病毒的分类学地位,我们通过有机溶剂敏感试验,温度敏感试验,血凝试验等证明该病毒为RNA病毒、不具有鸡血红细胞凝集特性,病毒对酸及氯仿不敏感,对胰蛋白酶敏感,对热有一定的抵抗力。然后将病毒液进行氯仿抽提、超高速差速离心及蔗糖密度梯度处理来纯化病毒,经磷酸钨负染色进行电镜观察,结果发现该病毒颗粒无囊膜、近似球形、直径约为80nm,具有双层衣壳结构,每层均为20面体对称,具有典型的呼肠孤病毒属特性。我们将病毒液通过绒毛尿囊膜接种9-11日龄的SPF鸡胚,连续观察2-6天,收集死亡鸡胚尿囊液及尿囊膜,依次接种至第3代。用第3代的尿囊液、胚体及绒毛尿囊膜测定ELD50。结果测得尿囊液的ELD50为10-5.633/0.2mL,胚体及绒毛尿囊膜对鸡胚的ELD50为10-583/0.2mL,表明胚体与绒毛尿囊膜的含毒量高于尿囊液。并将传代后的病毒尿囊液用于鸡胚成纤维细胞适应性试验,在原代鸡胚成纤维细胞上盲传5代,测定其TCID50,结果表明该毒株病毒对CEF的TCID50为10-5·75/0.1mL。此外,动物致病性试验表明,本分离株可以致死1日龄雏鹅,死亡率为100%,而对于青年鹅及中年鹅不致病。然后,我们依据NCBI已经发表的鹅呼肠孤病毒的基因序列,设计了3段引物。采用RT-PCR方法扩增得到3段目的片段,并对其序列进行测定分析,结果表明与已经发表的鸭呼肠孤病毒和鹅呼肠孤病毒亲缘性较近,通过单个基因的系统进化树分析显示,本分离株与参考株03G株、J18株同源性高达80%-90%,与标准株S1133同源性较低。由此可知,本分离株应该归属于禽正呼肠孤病毒属不同于鸡呼肠孤病毒分支的水禽呼肠孤病毒分支。最后,为了进一步了解本分离株与ARV、DRV及GRV之间的进化关系,我们对其进行全基因组序列分析。根据已发表的基因序列设计了13对引物,采用RT-PCR方法扩增得到目的片段,送至测序,对测序结果进行整理,分析其开放阅读框的大小及数目,并与呼肠孤病毒属的其他成员对比,绘制成基因进化树。结果表明GRV JS2012株病毒全长23,418bp,可分为大小不同的10个片段,组成病毒的10个片段大小如下:S1,1568bp; S2,1326bp;S3,1202bp;S4,1191bp;M1,2283bp;M2,2158bp;M3,1996bp;L1, 3958bp;L2,3829bp;L3,3907bp.与ARV其他毒株不同的是,GRV JS2012的σC蛋白由S1基因编码,而ARV的6C由S4编码。本分离株与ARV其他毒株一样其5’端和3’端都存在保守序列,分别是5’一GCUUUU,3’-UCAUC。同源性分析表明GRV JS2012毒株与GRV 03G株相比,其核苷酸同源性高达89.7%-99.1%。与鸭源呼肠孤病毒DRV J18基因序列的同源性达20.4%-96.9%,其中以L1、L2、M1及S2的基因变异性较大;与鸡源呼肠孤病毒ARV S1133株基因序列同源性达20.8%-77.0%。由此,我们认为应该将GRVJS2012归属于水禽呼肠孤病毒属,而与鸡呼肠孤病毒不同属。基因系统进化树分析表明,本分离株与鹅源呼肠孤病毒同属一支,而与鸭呼肠孤病毒存在一定的差异,与鸡呼肠孤病毒处在不同分支。由此可知,不同的呼肠孤病毒毒株之间存在着遗传多样性。而不同毒株之间是否存在基因重组的现象仍需进一步的探讨。本实验的研究进展为本病毒的进一步研究提供了可靠的依据。
其他文献
朗读指导首先必须从文本出发,从语言文字出发,抓住文本的特点指导学生读.其次,要将朗读指导融入整个语文学习之中,让学生在朗读训练中获得语文学科的学习能力,提升学生的语文
随着体育教学制度的改革和发展,小学体育课堂也要通过不断地加强创新性思维,来丰富学生的日常学习活动,教师可以通过注重学生的训练方法和课堂训练力度,把加强学生的身体素质
拥有传统文化内涵的民间体育游戏项目是幼儿园体育教学的重要载体,挖掘使用民间体育游戏活动,可以促进幼儿园体育教学的蓬勃开展,可以满足幼儿学习与锻炼身体需求,应当探索推
空间思维方面的强化是如今高中地理课教学改革的主要理念之一.而要想达到这样的教学目标,对于广大地理教师来说是一种挑战.在很长的一段时间内,高中地理课上高中生的主要学习
党的十八大报告指出:“倡导富强、民主、文明、和谐,倡导自由、平等、公正、法治,倡导爱国、敬业、诚信、友善,积极培育和践行社会主义核心价值观.”全国上下,各行各业以不同
当前,新课程教育体制改革与核心素养理念已经成为了高中教育发展的主要指导原则,化学作为高中阶段重要的理科课程,其课堂教学的情况已经引起了国家教育部门的高度重视.新课改