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利用20个微卫星标记对我国中西部10个山羊品种(陕南白山羊、陕北白绒山羊、伏牛山羊、黄淮山羊、太行山羊、关中奶山羊、西农萨能羊、中卫山羊、西藏山羊、内蒙古绒山羊)共计480个个体进行了遗传多样性检测,结果表明:1.20个微卫星标记在这10个品种中共检测到203个等位基因。平均每个位点检测到的等位基因数目为10.2个,数目最多的位点是ILSTS011,为15个,最少的位点是BM203,为7个。每个位点的等位基因在不同品种中的分布规律不同。2.哈代温伯格平衡检验结果显示:除陕南白山羊在MCM38位点、西藏山羊在BM143和MAF64位点之外,其他各群体在各位点上都处于遗传不平衡状态。3.20个微卫星位点在10个山羊品种群体中均具有较高的多态性,其杂合度在0.6674和0.8928之间,多态信息含量在0.6269和0.8831之间。10个品种中黄淮山羊的遗传变异程度最大,其平均杂合度和平均多态信息含量分别为:0.8390和0.8181;而西藏山羊的遗传变异程度相对较小,其平均杂合度和平均多态信息含量分别为:0.7612和0.7293。4.F-统计检验结果显示:10个山羊品种在20个位点上的亚群体间的固定指数(Fis)的平均值均小于0,反映了该群体属异配生殖。Fst的平均值为0.0522,说明这几个品种呈高度分化状态。基因流(Nm)在1.7103(BM2508)和10.8454(BM6404)之间变动,平均值为4.5421。5.遗传分化系数(GST)计算表明:BM203、BM2508、OarAE101三个位点的GST估算值较大,分别为0.1138、0.1275、0.0967。总GST值为0.0522,说明有5.22%的遗传多样性分布于群体间,剩余的94.78%分布于群体内。6.根据Nei氏标准遗传距离(DS)和DA遗传距离进行系统发生树的UPGMA法聚类和N-J法聚类,并用bootstrap重抽样技术对各系统发生树的可靠性进行了检验。相对来说,图(DS,UPGMA)较为可靠。伏牛山羊和黄淮山羊首先聚为一类,然后陕北白绒山羊、陕南白山羊、太行山羊依次加入,西农萨能羊和关中奶山羊作为另一类加入,然后中卫山羊和内蒙古绒山羊作为一类加入,最后西藏山羊单独作为一类加入。