世界贸易组织（World Trade Organization, WTO）是现今世界最大的多边贸易组织，其争端解决机构（Dispute Resolution Body,DSB），为各国之间贸易摩擦的解决提供了一个相对透明且公平的平台。以区域贸易协定为基础的区域贸易组织（Regional Trade Organization,RAT）由来已久，是经济全球化及区域经济一体化迅速发展的产物。在WTO法律体系中为区域贸易组织设定权利义务的相关条款为《关税和贸易总协定1944》（GATT1944）第24条及关于解释第24条的谅解、东京回合授权条款和适用于服务贸易领域经济一体化的《服务贸易总协定》（GATS）第5条。截止到2013年1月，WTO区域安排数据库中已收录250个已经生效的区域贸易协定。设立这些区域贸易组织的协议往往拥有独立完整的争端解决机制，且与WTO的争端解决机制存在很大的差异，那么拥有区域贸易组织成员国及WTO成员国双重身份的成员国在遇到争议纠纷时不可避免的会遭遇两种体制之间因管辖权重叠带来的问题。无论采取何种解决办法，其目的都是为了公平高效的解决成员国之间的贸易纠纷，促进国际贸易的良性发展，本文将致力于通过对WTO争端解决机制以及区域贸易组织的逻辑分析，找到相应的解决之道。本文分四个部分展开，第一部分将对WTO争端解决机制的法理进行分析，明确其目标和价值取向，阐明其管辖的范围以及管辖方式，指出其程序设计以及实际运行中存在的不足与缺陷；第二部分将详细叙述区域贸易组织与WTO之间的关系，介绍主要自由贸易区争端解决机制，并以北美自由贸易区争端解决机制与WTO争端解决机制管辖权发生冲突的案例为切入点分析冲突成因以及各专家组对于冲突的处理实践；第三部分将重点提出解决管辖权冲突的理论和实践，试图在区域贸易组织与WTO之间找到一个平衡点，可以在为成员国提供多元化争端解决方案的同时维持世界多边贸易体制的统一性，促进各国贸易摩擦得以通过高效且相对公正的方式解决，促进世界贸易的良性发展；第四部分介绍了中国参与WTO案件进程以及筹建区域贸易组织的情况，重点分析了中国参与的三个自由贸易区：中国—东盟自由贸易区、中国大陆与港澳的更紧密经贸合作安排以及中国大陆与台湾的海峡两岸经济合作框架协议，对已经建立的争端解决机制提出完善建议，对尚未建立争端解决机制的自由贸易区提出设想。