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采用AFLP技术和方法，对携带Lr34的小麦近等基因系、染色体代换系进行了DNA多态性分析。共筛选了78对EcoRI／MseI引物（上海生工），筛选获得一对特异性引物（E03：5’-GACTGCGTACCAATTCAAT-3’和M01：5’-GATGAGTCCTGAGTAACAT-3’），可在抗病亲本中扩增出两条大小分别为240bp和300bp的DNA多态性片段，在感病亲本中未能扩增出同等大小的DNA片段。通过对一条多态性片段（240bp）进行分离克隆和序列测定，表明这一与抗病基因可能有关的DNA多态性片段大小为237bp。根据此序列设计引物，可进一步对抗病亲本进行回检及开展与抗病基因的连锁分析。 根据与持久抗秆锈基因Sr31有关的DNA多态性片段序列，利用Primer 5.0软件共设计出7对特异性引物。通过利用Sr31的小麦近等基因系及其它抗/感材料进行回检筛选，获得Sr31的特异性引物(BR41：5’cac ccc ctt ggt agc aca 3’和BR12：5’agc cag tat cct cca cct cct3’)，可定性扩增DNA特异性区段，其片段大小为331bp，此可用作Sr31的SCAR标记。以Kavkaz和Lovrin13作为供体亲本，以完全感病品种MeNair701作为母本，分别构建了123株和120株F2代分离群体，苗期抗性鉴定结果表明，二者对小麦秆锈菌优势小种21C3的抗性系分别由一对显性基因和二对显性互补基因所控制。利用Sr31基因的SCAR标记对F2代抗感单株进行分子检测，并用QTXb17软件进行连锁遗传分析。结果表明，Sr31的SCAR标记与抗病基因有较紧密的连锁遗传关系。在Kavkaz×McNair701的杂交组合中，SCAR标记与抗秆锈基因Sr31的遗传距离为25.8cM+4.2cM；在Lovrin13×McNair701的杂交组合中，其遗传距离为19.3cM+3.4cM。在小麦抗锈育种中，利用Sr31的SCAR标记进行基因鉴定和辅助选择具有较高的可靠性。 本文还就AFLP技术的可靠性、AFLP分析时应注意的问题、RAPD标记的基因类型、RAPD对易位系的鉴定以及Sr31分子标记的应用前景等问题进行了讨论。