公司治理作为一个热点，近几年受到了越来越广泛的关注，股权结构与负债被认为是公司治理的两大核心治理机制，从根本上决定了公司的管理决策机制及约束激励机制，从而决定了公司的行为方式与经营绩效和价值。2010年9月8日，国务院常务会议审议并通过了《国务院关于加快培育与发展战略性新兴产业的决定》，将战略性新兴产业作为未来发展的重点规划产业。本文试图通过考察战略性新兴产业内上市公司的股权结构、负债与公司价值间的相互影响，揭示三者之间的内在联系，为我国战略性新兴产业的发展提供经验证据。本文试图解决下面三个问题：一是我国战略性新兴产业上市公司的股权结构是否会随着公司价值的变化做出不断的调整，公司价值对股权结构的安排是否存在反馈效应？二是负债在抑制股权代理成本方面的效率如何？三是负债对公司是否具有治理效应？　　已有研究表明，股权结构与负债都会影响公司价值，现有研究大都是将两者割裂开来，忽视了三者之间的两两内生性。本文在充分考虑战略性新兴产业上市公司特殊性的基础上，通过收集2006-2010年战略性新兴产业上市公司的数据，建立一组包括单方程模型和联立方程组在内的模型，实证分析了股权结构、负债与公司价值三者的影响关系。研究结果显示，战略性新兴产业上市公司的股权结构、负债与公司价值之间存在两两内生性，股权结构与公司价值之间是双向作用关系；股权结构与负债呈显著的负向相关关系；债权人没有积极的参与到公司治理中，负债不利于公司价值的提高，负债对公司的治理效应是无效的。同时，由于我国制度背景与西方发达国家存在较大不同，股东和经理人行为表现具有较大的差异性，上市公司的所有权性质和公司所在地的市场化程度是需要考虑的两大制度背景。研究表明战略性新兴产业上市公司股权结构、负债与公司价值三者之间的影响在不同性质的上市公司中，以及不同市场化水平下具有一定的差异性。最后，文章根据实证研究的结论对战略性新兴产业上市公司的发展提出了相关的对策建议。