主要组织相容性复合体（MHC）是由紧密连锁的高度多态的基因位点所组成的染色体上的一个遗传区域，其编码的产物负责识别呈递外来抗原，因此在脊椎动物的免疫系统中发挥着重要作用。多态性是MHC基因的重要特征，它反映生物对寄生虫和病原体的抵抗力，从而影响种群的长期生存，因此MHC基因的遗传变异分析广泛应用于保护遗传学。目前，基于MHC基因的研究主要集中在Ⅱ类基因，特别是这类基因的第二外显子。　　为了研究爬行动物的MHC基因，本文设计了一对兼并性引物扩增乌龟（Chinemys reevesii）和中国石龙子（Eumeces chinensis）MHCⅡ类B基因第二外显子的部分片段，并对其进行克隆及序列分析，旨在初步了解两种爬行动物MHC基因的序列结构和变异特征，为其种群遗传结构研究作前期工作。结果从乌龟和中国石龙子中分别获得8个和7个长度均为166pb的不同序列，通过序列比对发现序列的多态性较高，核苷酸的非同义替换（dN）明显多于同义替换（dS），说明平衡选择可能发挥着作用，由此造成的氨基酸的替换趋于集中在抗原结合位点（pABS）附近；同一个体中出现多个序列，提示可能存在着座位重复。同时研究发现爬行动物MHCⅡ类B基因存在着跨种多态性现象，这在爬行动物中尚属首次，有助于MHC基因跨种进化研究，具一定的理论意义。