植物根系的有益菌对植物的生长有重要作用,这些细菌可以作为氮和磷生物肥料,促进植物生长并在生物和非生物胁迫下提高植物抗性。在现代栽培水稻中Klebsiella,Sphigomonas,Azorhizobium和Burkholderia属被认为是最主要的细菌。而伯克霍尔德氏菌是一种β-变形菌,最先是在一定控制条件下从越南的幼小水稻根际植物中分离出来。在这之前,Burkholderia属细菌的N2固氮能力仅在Burkholderia vetnamiensis种中被识别。本研究中的水稻固氮细菌来自于中国江西省。我们从普通水稻Oryza sativa中分离出一种名为Burkholderia sp HAN2018的新菌株。我们用研究了接种此新菌株后不同水稻品种的表型。首先,我们将细菌接种在不同的水稻品种根部,和Mesorhizobium loti MAFF303099阳性对照相比,根表Burkholderia sp HAN2018的细菌数量随接种时间的增加而增加。其次,我们发现这种细菌不直接影响水稻产量。第三,我们在低营养浓度和正常营养浓度培养条件下种植不同水稻品种,并接种这种微生物,检测了接种后对水稻的生长表型的影响。通过生物信息学分析,我们认为这种细菌可能通过改变生长素和细胞分裂素的内部平衡来激活植物信号传导途径的改变,通常这种内部平衡是通过有效态氮来控制的。通过16Sr RNA,rec A,nif H和全基因组测序,这种菌被鉴定为伯克霍尔德氏菌（Burkholderia sp）。该菌的基因组序列已在NCBI上提交。使用登录号QXTL00000000可在NCBI访问HAN2018（生物样本ID:SAMN09912266）的基因组信息,本研究中描述的版本是第一个版本（QXTL00000000）。基因组项目数据ID是:PRJNA487594。HAN2018的基因组大小为8.65 Mbp,G+C含量为66.6%。基因组分析草案确定了8,550个预测的基因CDS,65个t RNA,21个r RNA,1个tm RNA,3个nc RNA和12个调控基因。通过使用RAST注释将这些基因分配到27个子系统和565个子子系统中,与氨基酸及其衍生物代谢相关的基因数目最多（16.86%）,其次是碳水化合物（13.74%）和辅助因子,维生素,修复基团和色素相关子系统（7.38%）。HAN2018是一种多功能代谢细菌,有许多参与碳和氮代谢的基因。其基因组编码与植物根系定殖相关的基因,如胞外多糖合成,鞭毛运动,趋化性,Ⅳ型菌毛表面粘附,铁载体产生和摄取,纤维素生成和摄取以及Ⅵ型分泌系统。通过NCBI原核基因组注释通道注释基因组时,我们发现Burkholderia sp.HAN2018显示出一些与固氮相关的基因。我们发现了许多实现固氮功能需要与禾本科植物建立的有效共生关系的基因。我们在这株菌中发现了nod J,nod I,nod ABC,nif Q和Nfe D,表明HAN2018可能会产生固氮相关因子。此外,推定的基因组重叠群中包含负责微生物与植物互作相关的基因,例如III型分泌系统基因,以及与共生质粒的共轭转移相关的IV型分泌系统基因。我们将这种菌和不同品种水稻共培养,测定固氮酶活,发现和不接种HAN2018的植物相比,接种的实验组中一些水稻品种的固氮酶活有显著提高,这表明微生物中的这些固氮基因都是有功能的。同时,我们证实了nif HDK等固氮酶基因确实存在于Burkholderia sp.HAN2018中。