麒麟鸡,又称卷羽鸡,其全身羽毛向外翻卷、易散热、耐高温,是一个适合热带高温地区饲养的优质鸡品种。大量研究证明,羽毛发育的不同形态受到多种基因的调节,但是目前对麒麟鸡卷羽性状的分子调控机理还缺乏足够的认识。因此,本研究利用第二代高通量测序技术,对麒麟鸡和怀乡鸡胚胎毛囊组织进行转录组测序,分析麒麟鸡和怀乡鸡毛囊组织中差异表达基因,并对差异表达基因进行筛选及信号通路富集。同时采用q RT-PCR方法对基因进行验证,结果表明高通量测序结果比较可靠。主要研究结果如下:(1)利用lllumina Hiseq 2000测序平台对麒麟鸡和怀乡鸡13胚龄毛囊组织进行转录组测序。原始数据经过质控,平均在每个麒麟鸡文库中获得了4,524,317,060 clean reads,怀乡鸡为5,003,260,873。其中,90%以上的测序reads可比对到鸡的基因组中。(2)通过对测序reads进行比对,在麒麟鸡和怀乡鸡毛囊组织中共表达基因11006个,麒麟鸡特异表达基因487个,怀乡鸡特异表达基因375个。随机选取了7个基因进行q RT-PCR验证,q RT-PCR结果和测序结果基本一致,验证了测序的可靠性。(3)在麒麟鸡和怀乡鸡毛囊组织中共筛选出328个显著差异表达基因(p<0.05),与怀乡鸡相比,麒麟鸡有123个基因显著上调表达,205个基因显著下调表达。通过注释共计获得221个具有明确生物学功能的差异表达基因。进一步筛选出有关角蛋白的8个差异表达基因,相对于怀乡鸡,麒麟鸡中有2个上调,6个下调,这些基因和麒麟鸡卷羽毛囊有密切关系。(4)差异表达基因GO功能显著富集分析,发现这些基因可以注释到86个GO term中。差异表达基因在氧化还原酶活性、循环系统、胞外空间、结构分子活性、酶调节活性5个通路中显著富集。Pathway显著富集分析,在信号分子及其相互作用通路下,主要富集的通路是神经活性的配体—受体相互作用、细胞因子及其受体的相互作用、ECM受体相互作用、细胞粘附因子显著富集。本研究对麒麟鸡和怀乡鸡胚胎毛囊组织进行转录组测序,我们得到大量的有用信息,通过对转录本进行功能注释与分析,筛选出麒麟鸡和怀乡鸡毛囊组织中差异表达基因,并对这些差异表达基因进行通路富集分析等;为深入研究麒麟鸡卷羽分子机理提供了宝贵的资料。