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罗汉果是我国华南地区的特有植物,是罗汉果品种改良利用的丰富基因源,研究野生罗汉果的遗传多样性对于野生罗汉果的保护和拓宽栽培罗汉果遗传资源具有重要意义。本研究分别采集广西永福县龙江乡居群,永福县堡里乡居群,三江县斗江镇居群,金秀县金秀镇居群,兴安县金石乡居群,浦北县六垠镇居群,贺州市姑婆山居群,广东乳源县八宝山居群和肇庆市鼎湖山居群9 个居群的叶片总计170 份样品材料,利用ISSR 标记技术对其中7 个居群的遗传多样性水平进行了比较分析,利用RAPD 标记技术对9 个居群的遗传多样性进行了比较分析。建立了野生罗汉果ISSR 反应体系和RAPD 反应体系,均采用25μL 反应体系:含2050 ng 模板DNA,1U Taq 酶,1×PCR 缓冲液,2.0 mmol/L MgCl2,4 种dNTPs 各200 μmol/L,0.5 μmol/L 引物。ISSR 反应程序为:94℃预变性3min,接着进行40 个循环:94℃变性1min,52℃退火50sec,72℃延伸2min,循环结束后72℃延伸7min,最后4℃保温10 分钟。RAPD反应程序为:94℃预变性5min,接着进行45 个循环:94℃变性1min,36℃退火1min,72℃延伸1min30sec,循环结束后72℃延伸10min,最后4℃保温10 分钟。15 个ISSR 引物共扩增到了111 个位点,其中91 个是多态性位点,占82.0 %。Nei’s 基因多样性指数（ He ） 为0.248 ,Shannon 信息多样性指数（ I ）为0.354。罗汉果不同居群的遗传多样性水平差异较大,居群多态位点百分率在28.2 % ～55.6 %之间,Nei’s 基因多样性指数为0.080 ～0.209 ,Shannon 信息多样性指数为0.123 ～0.310。永福居群（YF） 和金秀居群（JX） 的遗传多样性水平较高,其周边居群的遗传多样性水平逐渐降低,居群间产生了较大的遗传分化( Gst = 0.569 );AMOVA 分析表明,居群间变异占57.40%,居群内变异占42.60%。居群间的遗传距离与地理距离相关性不明显（r=0.369, P=0.115）。19 个RAPD 共扩增到了118 个位点,其中98 个是多态性位点,占83.05%。Nei’s 基因多样性指数（ He ） 为0.272 ,Shannon 信息多样性指数（ I ） 为0.409。罗汉果不同居群的遗传多样性水平差异较大,居群多态位点百分率在20.20 % ～54.95 %之间,Nei’s 基因多样性指数为0.071～0.209 ,Shannon 信息多样性指数为0.115～0.309。居群间产生了较大的遗传分化( Gst = 0.569) ,AMOVA 分析表明,居群间变异占57.49%,居群内变异占42.51%。居群间的遗传距离与地理距离相关性不明显（ r = 0.370,P =0.088） 。分别依据ISSR 标记和RAPD 标记数据,对罗汉果居群进行了UPGMA 聚类分析,结果